最新SNP和CNV上课讲义.ppt

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1、SNP和CNV与人类表型的关系1__________________________________________________什么是SNP？SNP（单核苷酸多态性）：在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷酸序列一致，而只有一个碱基不同的现象。SNP是人类基因组DNA序列中最常见的变异形式。并非所有的SNP都有临床意义，对疾病和药物治疗有重大影响的SNP，估计只占数以百万计SNP的很小一部分。从数以百万存在于整个基因组的SNP，到导致蛋白质氨基酸编码改变或基因表达调控改变的SNP，最后到导致蛋白质体

2、外活力改变的SNP，SNP的数目都在迅速递减。2__________________________________________________关联分析联合SNPs和人类疾病表型的研究，可以提供对诊断、预测、新的治疗方案等的新的和更精确的遗传标记，从而对直接的临床应用有很大的潜能。联合基因、基因变异和人类疾病表型的关联分析在识别那些涉及单个基因的、高渗透性、常染色体显性孟德尔遗传疾病的基因位点比较成功。但是，对于更经常出现的复杂疾病成功率比较低，例如多因素疾病：心脏病、糖尿病、高血压和癌症等。3______________

3、____________________________________整个基因组的关联分析是基于连锁不平衡（LD）的（描述了在两个SNPs的等位基因间的非随机关系），被作为确定与有一个遗传元素的人类慢性疾病相关的位点的一般的方法。关联分析的主要限制因素是：在这些复杂表型中，涉及多个基因，每个基因有相对弱的作用，并且与其他基因和环境因子有较强的相互作用。这个方法的不足是，存在一些不确定性因素。主要的是，不同种群间的人类基因组的LD的细节信息的缺乏。当一个疾病的基因变异以一个低频发生的话，研究的种群大小就会使得结果不同。4___

4、_______________________________________________候选路径方法——间接候选关联基于LD的的整个基因组关联研究是一种统计方法，这种方法没有对基因识别的先验假设。候选基因关联研究涉及五个方面：1、适合不同类型信息的路径中候选基因的选择2、确定这些基因在控制种群中的单倍型结构3、在每个基因中代表全部一般的单倍型的标签SNPs集的选择4、表型和单倍型状态的关联测试5、通过功能检验确定真实的原因变异的真实的位置5_________________________________________

5、_________尽管用标签SNPs的间接候选关联方法说明复杂疾病的遗传病因现在很可行，但是仍然存在一个主要的问题它涉及到一个假设：位点有很小的等位异质性，复杂疾病的易感性是由于少数目的祖先SNPs在种群中高频发生（>1%）。但是，对于在很多位点的大量的稀有变异，这种策略是无效的，因为，没有一个单体型与复杂性状有很强的关联，大多数的变异的贡献比较小。6__________________________________________________原因变异的精确定位将是一个重要的障碍，而且，对于不同民族、不同地理位置以及所研

6、究群体的其他特征都可能影响不同SNP单体型的频率，并且标签SNPs也可能不同。这就暗示单独使用SNP数据库研究表型和基因型关联的局限性。7__________________________________________________候选路径方法——直接候选关联直接关联研究被候选SNP分析所限制，在假定的功能变异和疾病风险间的关联被测试。功能SNPs可以分为编码SNPs（cSNPs），它可以改变氨基酸，和调控SNPs，控制表达或基因的剪接。1700多个人类疾病基因的识别说明大部分疾病是由于在编码蛋白质的改变，少于1%的变异

7、在调控区发现8__________________________________________________仅仅通过核苷酸序列评估SNP功能比较困难，尤其在SNPs没有改变一个氨基酸或没有破坏一个影响蛋白质功能或结构的模体的特征时。另外，仅有一个小的SNPs的子集将对表型有小的影响，所以对候选疾病易感性关联研究的一个重要的挑战是定义与疾病功能牵连的变异。9__________________________________________________用于发现SNP的预检方法10____________________

8、______________________________SSCP单链构象多态性（SSCP）分析，是一种基于DNA构象差别来检测点突变的方法。相同长度的单链DNA，如果碱基序列不同，形成的构象就不同，这样就形成了单链构象多态性。单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结