生物信息学分析工具

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1、为了使NCBI的资料库发挥更大的进阶应用价值，NCBI研究团队发展许多可以做生物医学资料採矿与资料分析的检索与分析工具。在此依工具的使用目的将其分为六大类，每大类下分别包含工具的名称与简介，作为研究人员在选择工具时的参考。   1.资料检索--文章词语搜寻     ‧Entrez一提供核酸、蛋白质、蛋白质3D结构Entrez：提供核酸、蛋白质、蛋白质3D结构、基因体图谱资讯、PubMedMEDLINE文献等整合式查询。序列资料的来源包括GenBank、EMBL、DDBJ、RefSeq、PIR-International、PRF、Swiss-Prot与PDB

2、（网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/）。   特性：    (1)对每一个资料库纪录做预先的相似性搜寻计算，以鉴别该资料的相关纪录。    (2)提供整合性跨资料库服务，可从一个资料库的纪录连结至其他资料库的相关纪录。     ‧BatchEntrez一使使用者可在背景执行，从Entrez取得大量核酸与蛋白质序列资讯，而使用者只需输入含GI或AccessionNumber的名单即可。查询结果可直接储存在使用者的电脑中（网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/batchentrez

3、.cgi?db=Nucleotide）。     ‧LinkOut一在Entrez的文章、期刊或生物资料建立连结到外部网页连结之注册服务。欲建立连结者可提供网址、资源名称、简短的网页描述与想建立的NCBI资料规格书即可（网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/linkout/doc/linkoutoverview.html）。     ‧Cubby一使Entrez使用者储存与更新搜寻，并且订做他们的LinkOut设定。需填写注册申请书申请使用权限（网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/

4、login.fcgi?call=so.SignOn..Login）。     ‧CitationMatcher一可查询PubMed资料库的PubMedID或MEDLINEUID，提供文献的目录资讯（网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/overview.html#Citation%20Matcher）。     ‧TaxonomyBrowser一用来查询生物分类资料库的查询工具，可由生物学名、俗名或较高层级分类查询生物与分类血缘，同时可获得核酸、蛋白质、结构与基因体资讯，并且可向上或向下查询分

5、类树（Taxonomictree）（网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/）。   2.序列相似度搜寻     ‧BLAST一BasicLocalAlignmentSearchTool一核酸与蛋白质序列比对工具。BLAST网页提供提供BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）程式、概述、使用说明与常见问题解答（网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）。BLAST程式包括：    (1)核酸BLAST：    ‧blastn程式一核酸序列比对。    

6、‧MegaBLAST一可搜寻一批EST序列、长序列cDNA或基因体序列。   (2)蛋白质BLAST：    ‧blastp程式一蛋白质序列比对。    ‧PHI-BLAST程式一PatternHitInitiatedBLAST（Zhang,etal.,1998）      一输入蛋白质序列查询蛋白质资料库，搜寻是否存在某种特定序列形式的BLAST程式。     ‧PSI-BLAST程式一Position-SpecificIteratedBLAST（Altschul,etal.,1997）       一输入蛋白质序列查询蛋白质资料库，搜寻是否属于某个蛋白

7、质家族的BLAST程式。    (3)转译BLAST搜寻：    ‧blastx程式一核酸序列与蛋白质资料库比对。    ‧tblastn程式一蛋白质序列与转译核酸资料库比对。    ‧tblastx程式一核酸序列与转译核酸资料库比对。   (4)保留区搜寻：    ‧RPS-BLAST程式一ReversePosition-SpecificBLAST一输入蛋白质序列查询ConservedDomainDatabase（蛋白质保留区资料库），搜寻是否存在保留区的BLAST程式。    ‧CDART工具一利用RPS-BLAST比对蛋白质输入序列与CDD资料库。 

8、  (5)两条序列比对：    ‧BLAST2Sequences程