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1、基于SNP标记桃抗蚜性状的基因定位张南南鲁振华崔国朝潘磊曾文芳牛良王志强中国农业科学院郑州果树研宄所/国家桃葡萄改良中心/农业部果树育种技术重点实验室【目的】挖掘与桃抗蚜性状紧密连锁的SNP位点及候选棊因，为桃抗性分子标记辅助选择育种奠定基础，并为进一步揭示桃抗蚜性状的遗传基础和分子机制提供依据。【方法】以来源于‘粉寿星’的抗蚜桃‘01-77-3’为母本，栽培品种‘中油桃13号’为父木，杂交获得F1代分离群体进行基因定位。以‘96-5-1’（抗蚜）为母本，‘10-7’（感蚜）为父本杂交获得F1分离群体作为验
2、证定位位点准确性的材料。参考桃基因组序列（PrunuspersicaGenomev2.0.al）开发基于Sanger测序的SNP标记，在亲本（‘01-77-3’‘中油桃13号’）及各4个子代中PCR扩增后进行Sanger测序，获得候选SNP后，扩大群体验证，实现对抗性基因的初步定位。对亲木（‘01-77-3’‘中油桃13号’‘96-5-1’‘10-7’）进行覆盖度约为70X的全基因组深度测序，并基于重测序数据，在初定位区间内开发基于Sanger测序与11RM分析的SNP标记，筛选多态性标记，对‘01-77-
3、3’X‘中油桃13号’杂交后代141株实生苗进行基因分型，以获得与桃抗蚜型基因紧密连锁的分子标记。通过双亲（‘96-5-1’‘10-7’）表型与基因型一致，在精细定位区间内开发与桃抗蚜性状紧密连锁的TnDel位点，以验证TnDel标记与抗蚜表型是否连锁。最后，参考桃基因组分析定位区间的候选基因。【结果】通过人工接种观察蚜虫对桃F1后代单株新梢危害表明，抗蚜与感蚜比例接近1:1（P值为0.556;x2为0.348），符合孟徳尔遗传规律。基于Sanger测序结果，初步将抗蚜基因定位在桃基因组Pp01380117
4、83与Pp0147231340之间,物理距离约为9.22Mb。亲木全基因组深度测序分别产生Cleandata17.109Gb,平均覆盖度为75.19X,在PpOl初定位区间内开发基于HRM与Sanger测序的SNP标记共29对，筛选后得到11对紧密连锁的标记。基因分型结果表明，与桃抗蚜基因紧密连锁的标记位于桃基因组PpOl的45.66Mb和46.12Mb处,Pp01,5.66处等位基因为T和C,Pp0146.12处等位基因为G和C,遗传距离分别为1.4cM、2.1cM;与抗蚜基因完全连锁的标记SNPPp01
5、45712702,位于桃基因组PpOl.,5.71处，等位基因为G和T。基于亲本（‘96-5-1’‘10-7’）重测序数据，在精细定位区间内开发紧密连锁的InDel标记KYYZPp01,5799758，位于Pp0145.79处。对验证群体92个单株进行PCR扩增，经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测表明，仅1个单株基因型与表型不符，分子鉴定准确率为98.91%。【结论】利用亲木深度测序与SNP标记技术相结合的方法，精细定位了控制桃抗蚜性状的基因，将抗蚜基因缩小到物理区间460Kb内，共包含56个转求本，包括52个候选基
6、因。关键词:桃;SNP标记;抗虫牙;基因定位;其屮，传统的田间观察是最直观、简便的方法，但由于抗蚜表型易受外界环境影响，且蚜虫的发生具有季节性［22］，表型鉴定耗时长，且需对群体单株逐一调查，需投入大量人力物力XM。分子标记是一种有效的性状鉴定方法，木研宄基于精细定位区间，开发了与性状连锁的InDel标记，缺失大小为2bp,准确、有效地完成了表型的分子鉴定。4结论本研宄基于亲本全基因组深度测序与SNP分型相结合的方法，对目标性状进行基因定位。通过基因定位初步将目标性状定位在桃基因组PpOl，物理区间约9.2
7、2Mb。在初步定位区域内利用重测序数据开发与抗蚜表型一致的SNP标记，利用基于高分辨率熔解曲线(IIRM)结合Sanger测序进一步进行精细定位，将目标基因缩小至PpOl45665389—PpOl46120950区域内，物理距离460Kb,包含56个转录本，52个候选基因。[1]牛良，鲁振华，曾文芳，崔国朝，潘磊，徐强，李国怀，王志强.‘粉寿星’对桃绿蚜抗性的遗传分析.果树学报,2016，33(5):578-584.NIUL,LUZH,ZENGWF,CUIGC,PANL,XUQ,LIGH,WANGZQ.In
8、heritanceanalysisofresistancetogreenpeachaphid(Myzuspersicae(Sulzer))forpeachcultivar
