欧猥迭宫绦虫膜联蛋白e1基因的生物信息学分析

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1、欧猥迭宫绦虫膜联蛋白E1基因的生物信息学分析：邬强，李东冬，马盼盼，吕刚【摘要】目的：从欧猥迭宫绦虫成虫cDNA文库中识别出膜联蛋白E1（AnnexinE1）基因，并对其进行生物信息学分析和功能预测。方法：从欧猥迭宫绦虫cDNA文库中获取AnnexinE1基因的核酸序列，应用NCBI、ExPASy等多种生物信息学在线分析工具结合VectorNTIAdvance10、GeneiousPro等软件包，对所获基因及其编码蛋白的基本理化特征、亚细胞定位、保守功能域、抗原表位、二级结构及拓扑结构等进行预测，建立蛋白质三级空间结构模型及构建其分子进

2、化树。结果：AnnexinE1编码354个氨基酸残基，理论分子量为40168.0Da，具有4个完整的保守功能域。位于细胞内，无信号肽及跨膜结构，存在6个潜在抗原表位。二级结构主要以α螺旋为主，结构和功能有关的位点高度保守，具有多个磷酸化位点。在进化的过程中与绦虫类亲缘较近，而与脊椎类亲缘较远。结论：AnnexinE1编码蛋白及潜在的抗原表位与宿主同源性低，可能作为研发新型免疫诊断方法的理想分子靶标。【关键词】欧猥迭宫绦虫；膜联蛋白；结构；功能；生物信息学［ABSTRACT］Objective:ToidentifytheAnnexinE1

3、genefromcDNAlibraryofSpirometraerinaceieuropaeiadultandpredictitsstructureandfunctionbyapplyingthebioinformatics.Methods:NucleicacidsequencesofAnnexinE1genecDNAlibraryofSpirometraerinaceieuropaei,andapplicationtoolsaticsaticssofticalproperties,subcellularlocalization,con

4、servativefunctionaldomains,domains,antigenicepitopes,secondarystructureandtopology,etc.Besides,tertiarystructureoftheproteinologymodeling,undertookmultisequencehomologicalalignmentandphylogeicanalysis.Results:AnnexinE1encoded354aminoacidresiduesolecular40168.0Da.Themain

5、secondarystructureains.Structureandfunctionofthehighlyconservedsitesultiplephosphorylationsites.Itcontainednosignalpeptideandtransmembranehelices,sixpotentialantigenicepitopes,locatesoutsideofmembrane.Inevolution,itanddistantrelativetothevertebrate.Conclusions:Homologyis

6、loightbeadesirablemoleculartargetforimmunologicaltests.［KEY_167519.1）、秀丽隐杆线虫（Caenorhabditiselegans,AAA99775）斑马鱼（Daniorerio,AAI54294）、拟南芥（Arabidopsisthaliana,NP_196584）、非洲爪蟾（Xenopuslaevis,NP_001082442.1）、原鸡（Gallusgallus,XM_421623.2）、小鼠（Musmusculus,NM_009674.3）、人（Homosapie

7、ns,BT007975.1）。1.2方法将基因的核苷酸、编码氨基酸序列与Genbank中的数据进行比对，鉴定其，判断与其他物种基因的一致性及是否为全长；将该蛋白氨基酸序列进行多序列同源比对分析，并与其他物种的Annexin进行比对，用GeneiousPro4.8.2以NJ法构建出分子进化树；采用蛋白质专家分析工具ExPASy和VectorNTIAdvance10对蛋白质的基本理化性质进行预测；应用TargetP、Tmpred和PredictProtein等程序对蛋白质的亚细胞定位、跨膜和信号肽情况进行推测；通过Motifscan、In

8、terproScan、ScanProsite、Pfam及BepiPred等对模体、功能域、催化位点、抗原表位等进行预测；运用PredictProtein、COILS等工具对蛋白质的二级结构进行预测；在SOD