如何使用wingx程序分析晶体结构

《如何使用wingx程序分析晶体结构》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。

1、如何使用WinGX程序分析晶体结构目录一、结构解析的过程（一）空间群的确定（二）解初结构（三）结构精修1、结构精修2、检验精修完毕的参考标准3、精修时INS文件中的指令和意义4、CIF文件5、用WinGX生成键长键角表二、画图1、XP中的指令2、操作实例三、H键分析1、策略2、步骤3、实例四、芳香环间的相互作用1、作用模型2、判断芳香环间相互作用的步骤3、实例五、CIF格式1如何使用WinGX程序分析晶体结构一、结构解析的过程WinGX程序平台集成了下列主要程序：1、确定空间群(XPREP)2、解初结构(SHELXS-97、

2、SIR-92、SIR-97、SIR-2002)3、结构精修(SHELXL)S.hklShelxlXprepS.hklS.insShelxsS.p4pS.resS.insS.hklSirEditS.cifS.fcf（一）空间群的确定将衍射实验得到.hkl和.p4p两个文件（名称应一致）拷入一个文件夹中。打开WinGX,从标题栏File命令中选择CHANGEPROJECT下的SelectNewProject,此时会出现一个对话框，添加上述的.hkl或.p4p文件。1）标题栏Data命令中选择Xprep,出现一个新的对话框，输入.

3、hkl的文件名。2）出现Selectoption命令，默认[4]。3）出现Mean(I/sigma)代表平均信/噪比（该数值要求>7，12~20之间比较好）和格子类型。默认格子类型即可。4）选择H:SearchforhigherMetricSymmetry，寻找更高的对称性。5）程序显示各种可能的晶系和格子类型。根据Rint值大小确定晶系和格子类型。6）选择S：Determineorinputspacegroup，测定或输入空间群。7）选择S：Determinespacegroup，测定空间群。8）程序提供可能的晶系选择，认

4、同程序的选择即可。9）程序列出所选晶系下的可能晶格类型。210）选定晶格类型后，程序将列出各种可能的空间群。11）选定空间群后，程序提示下一选项：Defineunit-cellCONTENTS（给出化合物的组成）。12）输入分子式（元素要大写如C8H9N6O7Cu1，注意中间要用空格）。13）提示下一个选项[E]:EXITtomainmenu。14）确认后，提示下一个选项[F]:SetupshelxtlFILES。15）确认后，提示输入结构名称（如S）。16）输入结构名称后，屏幕上会给出S.INS文件内容，并提问Doyouw

5、ishtowritetheintensitydatafileS.hkl?17）缺省值是No,应键入Y。18）提示下一个选项[Q]:QuitProgram。确认后退出Xprep程序。（二）解初结构1、确定初步的结构模型用直接法或帕特森法解决相角问题，找出部分原子或重原子的位置。直接法一般适用于有机分子和配合物。帕特森法尤其适用于独立单元中含有少数几个重原子的化合物。2、操作程序：1）从标题栏File命令中选择CHANGEPROJECT下的SwitchProjectID出现一个小对话框，输入上面第8步取的文件名（如上的S）。2）

6、从标题栏Solve命令选择SHELXS-97/SIR-92/SIR-97/SIR-2002任意一个来解析结构。得出结构后，Exit退出该程序。3）解初结构的S.INS文件的格式TITLc2cinC2/cCELL0.7107321.86409.74087.227590.000105.32390.000ZERR2.000.00150.00070.00070.0000.0090.000LATT7SYMM-X,Y,0.5-ZSFACCHNOCU3UNIT404016162TREF（PATT）HKLF4ENDLATT晶格种类：1表示简

7、单格子P;2表示体心格子I;3表示菱面体格子；4表示面心格子；5表示A心格子；6表示B心格子；7表示C心格子。对于非中心对称空间群，n为负值；对于中心对称空间群，n为正值（三）结构精修1、结构精修1）点击“圆规”图标，显示初结构。①选中结构图中不确定的原子，从标题栏Delete命令中选择SelectedAtoms，删除这些原子。②选中元素类别指认错误的原子，按右键，弹出对话框，修改原子名称和元素种类③保存为INS文件后，再从标题栏Refinement命令中选择RunSHELXL进行精修。2）在新产生的Q峰中，将可指认的Q峰选

8、中（如Q1、Q2…等），按右键，弹出对话框。按顺序输入原子名称和种类。保存为INS文件后，再进行精修。3）反复进行第二步，运算至结构模型收敛后，再加各向异性，在标题栏中Select命令下选择AllAtoms，按右键，选择SetUij`sanisotropic命令。保存为INS文件后，再进行