土茯苓及其近缘种药材的dna条形码分子鉴定研究

《土茯苓及其近缘种药材的dna条形码分子鉴定研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、硕士研究生学位论文题目：土茯苓及其近缘种药材的DNA条形码分子鉴定研究姓名：王振涛学号：2111248024院系：中药学院专业：中药学导师姓名：李书渊教授二O一五年五月分类号：___________密级:__________UDC:___________土茯苓及其近缘种药材的DNA条形码分子鉴定研究IdentificationofcrudedrugscomefromSmilaxglabraanditscloselyrelatedspeciesusingtheDNAbarcodingtechnique姓名:王振涛学号:2111248024院系:中药学院专业:中药学研究方向:

2、中药质量控制研究导师姓名:李书渊教授论文提交日期:2015年5月论文答辩日期:2015年5月学位授予单位:广东药学院2015年5月土茯苓及其近缘种药材的DNA条形码分子鉴定研究摘要目的：DNA条形码技术是近几年来中药分子鉴定研究的热点，即运用短的、通用DNA片段对物种进行快速、准确鉴定的分子生物学方法。当前市场上土茯苓的混淆品较多，主要来源于其近缘种药材,它们与土茯苓的外观性状较为相似，极易混淆。本研究以土茯苓及其近缘种药材为研究对象,选取了ITS、ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL这5条DNA条形码候选序列进行考察及综合分析。旨在探究DNA条形码技术应用于

3、土茯苓及其近缘种药材的鉴定方法,为将DNA条形码技术应用于中药鉴别提供参考依据。方法：本文考察了34份收集自不同地区的土茯苓及其近缘种药材菝葜、土萆薢的核基因组ITS、ITS2序列和叶绿体基因组psbA-trnH、matK、rbcL序列。采用试剂盒法对这3种药材的基因组DNA进行提取、且考察并优化了PCR扩增反应条件。反应产物经双向测序后，使用CodonCodeAlignerV3.7.2（CodonCodeCo,USA）序列拼接软件对原始测序峰图进行校对拼接，切除引物及序列两侧低质量区。接着利用软件MEGA6.0对所得序列进行综合比对分析，并基于K-2-P模型进行种内种间

4、遗传距离的计算。分析比较不同序列种内、种间之间的变异关系，并用邻接(NJ)法构建系统聚类树。使用SPSS17.0软件对psbA-trnH、matK、rbcL三条DNA片段进行序列间的Wilcoxon秩和检验，“barcodingGap”检验，以此作为衡量不同序列之间潜在物种鉴定能力大小的依据。对所得序列采用相似性搜索算法中的BLAST方法，通过比对Genbank数据库中的基因序列，对序列之间的同源性进行了判定。结果：从土茯苓与其近缘种药材基因组DNA的提取、目标序列的PCR扩增及测序结果来看,三种药材的大部分样品均能成功地提取出DNA。除ITS序列之外，ITS2、psbA

5、-trnH、matK、rbcL序列均能很好的扩增出目的片段。除ITS2序列出现大量杂合或结合问题外，psbA-trnH、matK、rbcL序列均能获得较高质量的测序峰图。三者的测序成功率分别为92%、100%、100%。从序列比对、遗传距离考察及构建系统发育树结果来看，土茯苓样品的种内变异不明显，psbA-trnH、matK、rbcL序列的种内I遗传距离值分别仅为：0.0018、0.0015、0.0000；而土茯苓与其近缘种药材的种间差异则较大，psbA-trnH、matK、rbcL序列的种间遗传距离值分别达到了0.3151、0.1450、0.0061。由构建的系统聚类树

6、图可以看出，不同产地的土茯苓药材聚成一支，表现为单性系，并与其近缘种明显分开。因此，三条序列均可不同程度地鉴别土茯苓与其近缘种药材。通过对序列间的Wilcoxon秩和检验和“barcodingGap”检验，结果表明：psbA-trnH、matK、rbcL序列均符合作为DNA条形码的基本要求。本研究通过比对Genbank数据库中的基因序列，对序列之间的同源性进行了判定，结果表明物种的鉴定成功率均在95%以上。结论：DNA条形码鉴别技术可用于中药材鉴定,其中psbA-trnH、matK、rbcL序列均可有效地鉴别土茯苓与其近缘种药材。关键词：土茯苓；近缘种；DNA条形码；分子

7、鉴定IIIdentificationofcrudedrugscomefromSmilaxglabraanditscloselyrelatedspeciesusingtheDNAbarcodingtechniqueSpecialty:TraditionalChineseMedicineAuthor:ZhentaoWangSupervisor:Prof.ShuyuanLiAbstractAims:DNAbarcodinghasbecomeoneofhotspotsofTraditionalChineseMedicinemolecu