苹果高密度遗传连锁图谱构建与重要果实品质性状qtl定位

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1、分类号：单位代码：密级学号：博士学位论文苹果高密度遗传连锁图谱构建与重要果实品质性状定位研究生：孙瑞指导教师：韩振海教授合作指导教师：张新忠教授王忆副教授申请学位门类级别：农学博士专业名称：果树学研究方向：果树种质资源与分子育种所在学院：农学与生物技术学院年月ChinaAgricultureUniversityPh.D.DissertationHigh-densitygeneticlinkagemapconstructionandQTLindentificationforimportantfruitqu

2、alitytraitsinapplePh.D.Candidate:SunRuiSupervisor:ProfessorHanZhenhaiProfessorZhangXinzhongAssociateProfessorWangYiMajor:PomologyResearchField:GermplasmResourceandMolecularBreedingofFruitTreeCollegeofAgronomyandBiotechnologyChinaAgriculturalUniversityMay

3、,2015独创性声明本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中已经注明引用和致谢的内容外，论文中不包含本人和其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得中国农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。学位论文作者签名：时间：丨年月对日关于学位论文使用授权的说明本人完全了解中国农业大学有关保留、使用学位论文的规定。本人同意中国农业大学有权保存及向国家有关部门和机构送

4、交论文的纸质版和电子版，允许论文被查阅和借阅；本人同意中国农业大学将本学位论文的全部或部分内容授权汇编录入《中国博士学位论文全文数据库》或《中国优秀硕士学位论文全文数据库》进行出版，并享受相关权益。保密的学位论文在解密后应遂守此协议）学位论文作者签名：％、时间：年夕月日导师签名‘：：爲广时间：年月日摘要分子标记和遗传连锁图谱是苹果等多年生木本植物进行分子育种的有力工具，本试验以‘红玉’、‘金冠’以及‘红玉’‘金冠’杂交群体为试材，利用测序和重测序分子生物技术手段，进行了苹果高密度遗传连锁图谱的构建和标记

5、的开发。测序釆用五和分别进行酶切。构图时，分群阈值设置为，采用回归算法和函数计算遗传距离。最终，得到了一张由个标记和个单株组成的遗传连锁图谱。其中，有个标记定位在了‘红玉’的连锁图谱上，图谱总长为标记密度为标记；有个标记定位在了‘金冠’的连锁图谱上，图谱总长为标记密度为标记。利用该连锁图谱，对苹果重要的品质性状进行了定位。共得到个显著的位点，其中与果实酸度相关的有个，定位在个，个，和上；个与单果重相关的分别位于和硬度相关的个均在上；而与糖含量相关的个位点定位在和上。在上述个中，贡献率大于的主效有个。位于

6、上与苹果酸，柠檬酸和总酸相关的均与标记紧密连锁。和的峰值均为，贡献率为和，而的峰值为，贡献率为。与柠檬酸相关，定位在峰值标记为，可以解释的表型变异。与乙酸相关的位点，贡献率为，连锁标记为。，与果糖相关，位于，距离其最近的标记为。和与果实硬度相关，其中的值为，可解释的表型变异为，连锁标记为和。位于标记和之间，贡献率为。随后对其中个区间并能够对应到参考基因组上的进行了候选基因蹄选。最终，得到果实酸度候选基因个，单果重候选基因个以及硬度候选基因个。对果实酸度候选基因进行表达分析，发现￥的基因表达变化与苹果果实

7、酸度变化相一致。为了深入挖掘双亲的变异，分别对‘红玉’和‘金冠’进行全基因组重测序。测序采用测序平台，双端测序，读长为，插入片段约为。在红玉’中共得到了个位点，约即有一个标记；在‘金冠’中得到了个位点，约—个标记。杂合度分析显示，‘红玉’的杂合度较高，为每—个杂合位点，而‘金冠’则为—个杂合位点。对遗传图谱和重测序数据综合分析，利用手段，初步证明了红玉’和之间的染色体重排为的片段复制后插入了。此外，还分析了双亲候选基因的序列差异，为基因验证打下了基础。关键词：苹果品质，测序，遗传连锁图谱，重测序，Abs

8、tactMolecularmarkersandgeneticlinkagemapsareeficienttoolsformoleculebreedinginwoodyperennialssuchasapple.Inthisstudy,&eF1populationderivedfrom‘‘’‘，，，，，’’，heterozygositywith'GoldenDeicious'(237bpperlocus),itishigherin'Jonat