[.Mascot检索软件在蛋白质质谱鉴定中的应用(PPT).pdf

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1、Mascot检索软件在蛋白质质谱鉴定中的应用目录生物质谱简介Mascot简介应用实例生物质谱简介——基本结构质量分析器离子源(ion检测器(massanalyzer)：source)：使蛋(detecter)：将离子源中形成白或多肽变成实现离子信的离子按质荷比带电离子号检测大小分开常见类型：常见类型：常见类型：A:电喷雾电离(ESI)A:四级杆(Quadrupole)A:直接检测器B:基质辅助激光B:离子阱(Iontrap)B:电子倍增器解吸电离(MALDI)C:飞行时间(TOF)C:闪烁检测器生物质谱简介——基本类型MALDI-TOF以及MALDI-TOF/TOF:质谱类型

2、：TOF质谱仪样品状态：固态优点：仪器结构简单，扫描速度快，高通量缺点：结果可靠性依赖于样品质量LC-ESI-MS/MS:质谱类型：三级四级杆、离子阱、Q-TOF样品状态：液态优点：灵敏度高，结果更可靠缺点：低通量、价格贵生物质谱简介——主要品牌美国应用生物系统(ABI)：美国安捷伦科技(Agilent)：美国布鲁克-道尔顿(BrukerDaltonics)：美国戴安公司(Dionex)：美国岛津(Shimadzu)：日本赛默飞世科技(ThermoFisher)：美国(原美国热电)沃特世科技(Waters)：美国生物质谱简介——蛋白质质谱鉴定基本流程二级质

3、谱肽段混合物一级质谱二级碎片肽段分分子量子量蛋白搜索软件DNA/protein数据库鉴定结果生物质谱简介——蛋白质质谱检索常用软件软件名称MascotSEQUESTX!Tandem软件类型商业软件商业软件免费开源软件数据格式MGF、DTARAW、DTADTA、PKL、PKLMGF、mzXML说明：Mascot是目前使用最广泛的蛋白质鉴定检索软件、功能十分强大生物质谱简介——蛋白质质谱检索常用软件Mascot十大特性：通过一个整合的软件包，同时支持目前主流的三种检索算法通过特有的基于实概率的打分方法，支持标准统计显著性检验分析可用于检索任何FASTA数据库，包括蛋白质数据库、ES

4、T数据库以及基因组数据库无须耗时即可建立检索目录，无论是否基于酶的特异性，对于特异性的化学修饰或翻译后修饰的鉴定均非常灵活支持几乎所有常用的质谱仪输出的数据格式生物质谱简介——蛋白质质谱检索常用软件Mascot十大特性（续）：通过高效率的代码可满足从单线程到多线程系统或集群的高通量计算需求通过界面友好的客户端支持自动提交检索任务，无须用户编程支持所有的Web浏览器，提交概述性以及详细的结果报告，并且配以详尽的在线帮助文档，以帮助用户理解分析结果目前已拥有一千多个学术及商业用户，被Frost&Sullivan誉为“质谱数据检索的黄金标准”由独立运营，充满活力的Matrix

5、Science公司研发，该公司一直致力于开发最先进的生物信息学软件Mascot简介——使用类型在线检索：免费，数据库总是最新的，检索速度快，简单，只需将peaklist文件导入即可，但文件大小受限制本地检索：需要购买软件及安装数据库，但使用方便、可以进行大规模的数据检索分析和数据库配置，功能更加强大Mascot简介——检索方式Mascot是一款强大的数据库检索软件，可以实现从质谱数据到蛋白质的鉴定，其检索方式包括以下三种：PeptideMassFingerprint（肽指纹图谱检索）SequenceQuery（部分序列比对）MS/MSIonSearch（串联质谱检索）Mascot

6、简介——肽指纹图谱鉴定原理：根据一个蛋白质酶切后的一组特异肽段分子量信息进行比较从而进行蛋白鉴定优点：是蛋白质鉴定的经典方法，算法简单，速度快，在串联质谱鉴定出现之前应用广泛缺点：质量相近的多肽增加匹配难度，并且无法实现混合蛋白的鉴定，不太适合数据库不完整的物种的蛋白质鉴定，不能分析到翻译后修饰位点Mascot简介——部分序列比对原理：采用分子量联合部分氨基酸序列或者氨基酸组成信息进行蛋白鉴定优点：检索速度快，其“错误容忍”模式增强了序列标签的匹配率缺点：常需要人工解析序列标签，对操作者的经验要求严格同时耗费时间较长Mascot简介——串联质谱鉴定原理：对一个或者多个未被

7、解析的肽段MS/MS数据进行对库比较从而进行蛋白鉴定优点：是目前应用最广的高通量鉴定蛋白质方法，鉴定准确度更高，无需人工序列解析，可以实现混合蛋白的鉴定缺点：增加了一步操作，算法更复杂，对仪器要求更严格Mascot简介——打分算法原理基于MOWSE(MOlecularWeightSearch)算法的改进：MOWSE算法是基于非冗余蛋白质数据库OWL中肽分布频率及可能性的算法采用基于可能性大小的打分算法能够提供一个直观的数值或者图形来评