SSR分子标记技术简述.ppt

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1、SSR分子标记技术简述SSR分子标记SSR分子标记的原理SSR分子标记的应用SSR分子标记的简介SSR标记的简介简单重复序列（SimpleSequenceRepeat，SSR），也称微卫星DNA,指的是基因组中由1-6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下。研究表明，微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。SSR（simplesequencerepeat）SSR标记是当今流行的分子标记技术之一。尽管SSR分布

2、于基因组的不同位置，但其两端多是保守的单拷贝序列，因此可以根据两端的序列设计一对特异引物，通过PCR技术将其扩增出来，利用电泳分析技术获得长度多态性，即SSR标记。SSR标记SSR分子标记的优势SSR在真核生物基因组中分布广多态性丰富其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨率高、遗传信息量大SSR通常为显性标记，呈孟德尔式遗传具有很好的稳定性和多态性DNA用量少技术要求低，成本低廉PCR扩增的可重复性高SSR标记的劣势开发和合成新的SSR引物投入高、难度大现有的SSR标记数量有限，不能标记所有的功能基因SS

3、R多态性的检测和应用很大程度上依赖PCR扩增的效果SSR座位突变率高，对变异反应非常敏感等等SSR标记的原理微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。如果能够将这些变异揭示出来，就能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这一想法，人们发展起了SSR标记。由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以

4、人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。由于SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性，这就是SSR标记的原理SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物，将

5、扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。welcometousethesePowerPointtemplates,NewContentdesign,10yearsexperienceThankyou!