高分辨率溶解曲线hrm

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1、SNP及突变研究的最新工具 高分辨率熔解曲线(HighResolutionMelting) 突变筛查和基因分型系统北京思博全科技有限公司内容提示高分辨熔解曲线(HighResolutionMelting)高分辨熔解曲线在遗传育种中的应用—筛查突变(mutationscanning)—基因分型(MutationGenotyping)—小片段+内标法(SmallAmpliconGenotyping)—非标记探针法(UnlabeledProbeGenotyping,LunaProbe)—SSR分析—检测甲基化HRM仪器HighResolutionDNAMelting

2、(HRM)是基于有序列变化的Amplicon之间微弱的Tm值差异,通过DNA片段熔解曲线的差异进行突变检测,比如:PCRTube1Tube2Tube3WildtypeHomozygoteHeterozygoteLightScanner突变检测原理Lightscanner高分辨溶解曲线结果SaturatingdyeLCGreenplus——高分辨溶解曲线专用荧光染料内容提示高分辨熔解曲线(HighResolutionMelting)的定义高分辨熔解曲线在蚕的遗传育种中的应用—筛查突变(mutationscanning)—基因分型(MutationGenotypi

3、ng)—小片段+内标法(SmallAmpliconGenotyping)—非标记探针法(UnlabeledProbeGenotyping,LunaProbe)—SSR分析—检测甲基化HRM仪器MutationScanning未知SNP扫描M.H.Ye等对北京油鸡CAPN1基因外显子进行扫描,筛查其潜在SNPs。BernhardJ.HoWnger·Hai-ChunJing·KimE.Hammond-Kosack·KostyaKanyuka(BarleyApplication)TheorApplGenet(2009)119:851–865DOI10.1007/s0

4、0122-009-1094-2数据来自英国洛桑农业实验站Bernhard等对Barley的eukaryotictranslationinitiationfactor4E(eIF4E)gene基因外显子进行突变扫描结果内容提示高分辨熔解曲线(HighResolutionMelting)的定义高分辨熔解曲线在蚕的遗传育种中的应用—筛查突变(mutationscanning)—基因分型(MutationGenotyping)—小片段+内标法(SmallAmpliconGenotyping)—非标记探针法(UnlabeledProbeGenotyping,LunaPr

5、obe)—SSR分析—检测甲基化HRM仪器SmallAmpliconGenotyping扩增小片段直接进行基因型鉴定使用已知Tm值的双链DNA做温度内标,低温内标Tm(~61℃),高温内标Tm(~92℃)内标能够实现96/384孔板的温度均一矫正。PCR片段的Tm值范围:70-88℃优点:不需要探针,直接利用PCR产物针对已知突变位点进行基因分型为何要使用温度内标A>TSNPwithoutCalibration–72bpApplyTemperatureCalibrationA>TSNPwithCalibrationSmallAmpliconGenotyping

6、M.H.Ye等对北京油鸡A-FABP基因进行小片段法基因分型,扩增片段为56bp,灰色曲线显示的是杂合型(CT),蓝颜色和红颜色曲线分别代表纯合型CC和TT。内容提示高分辨熔解曲线(HighResolutionMelting)的定义高分辨熔解曲线在蚕的遗传育种中的应用—筛查突变(mutationscanning)—基因分型(MutationGenotyping)—小片段+内标法(SmallAmpliconGenotyping)—非标记探针法(UnlabeledProbeGenotyping,LunaProbe)—SSR分析—检测甲基化HRM仪器HRM–Luna

7、probegenotypingHRM–Lunaprobegenotyping1Probe–1SNP,AllPossibleSNPs1Probe–1SNP,AllPossibleSNPsClass1C:T,G:AClass2C:A,G:TClass3C:GClass4A:T1Probe,2SNPs,1Amplicon2Probes,2SNPs,1Amplicon-ApoE2Probes,2SNPs,2Amplicons-HFEAmpliconScanning–发现新的突变DavidDe,YongSongatel.Applicationoghigh-resolut

8、ionDNAmeltingforgen

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