大麻ssr标记的开发及遗传多态性分析

《大麻ssr标记的开发及遗传多态性分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、密级：论文编号:中囯农北科学院学位论文大麻SSR标记的开发及遗传多态性分析DevelopmentofSSRMarkersandGeneticDiversityAnalysisinCannabissativa硕士研究生：信朋飞指导教师：赵立宁申请学位类别：理学硕士专业：生物分^物^研究方向：t餓分培养单位：麻类研究所研究生院2015年4月Secrecy:No.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationDevelopmentofSSRMarkersan

2、dGeneticDiversityAnalysisinCannabissativaM.S.Candidate：XinPengfeiSupervisor：ZhaoLiningDegree：MasterofScienceSpecialty:BiochemistryandMolecularBiologyApril2015IIIIIIV摘要大麻(CannabissativaL.)，是大麻科一年生草本植物，具有重要的经济价值，可用于食品、纺织和药品等。我国大麻栽培历史悠久，种质资源丰富。本研究首次基于大麻转录组

3、序列信息开发SSR分子标记，并对国内外115份大麻种质资源进行了遗传多态性分析和组群划分。主要结果如下：(1)大麻转录组SSR标记的开发。基于公布的大麻转录组信息，共获得32324条大麻EST序列，总长度38.12MB，平均长度1207bp。利用AutoSSR软件对大麻转录组序列进行了SSR位点的搜索，共搜索到3624条序列包含4577个SSR位点，其中668条序列包含至少两个SSR位点，121条序列包含复合型SSR位点。三核苷酸重复数量最多，占SSR总数的50.99%。其次为六核苷酸和二核苷酸重复，

4、分别占25.13%和16.34%。三核苷酸重复AAG/CTT出现的频率最高(18.00%，824)，其次是AG/CT(12.91%，591)，AAT/ATT(8.65%，396)。根据大麻中SSR位点分布特征，开发了3442个大麻SSR分子标记。(2)对包含SSR位点的EST序列进行功能预测。1591条转录组序列得到功能注释，占总数的43.90%。按照COG功能的分类，大麻中包含SSR位点的EST序列的功能可以分为23类。其中，一般功能预测类型的数目最多，为350条。其次是具有转录功能和信号转导机制的

5、类型，分别为207和177条。(3)从3442个大麻SSR标记中，设计了117对大麻SSR引物，108对(92.31%)引物可以在大麻中有效扩增。7对引物(CAN0011、CAN0035、CAN0107、CAN0504、CAN0576、CAN0690和CAN2915)有两个基因扩增位点，2对引物(CAN0001和CAN0079)有三个基因扩增位点，共获得119个有效扩增位点。其中分别有62,24,8,1,2,1个位点有两个等位基因、三个等位基因、四个等位基因、五个等位基因、六个等位基因、七个等位基因，

6、21个位点没有多态性。最终，87对引物共得到252个多态性位点，平均每条引物扩增2.9个多态性位点，具有较高的多态性。(4)选取45对引物作为核心引物分析大麻种质资源多态性。以遗传相似性系数GS=0.74为阈值，115份大麻种质大致按照地理位置聚类到四个组群，分别是中国北部、欧洲、中国中部和中国南部。按照地理纬度分布，中国大麻种质的3个组群分别对应寒温带、暖温带和亚热带。在主坐标分析中，前三个主成分贡献度分别为36.4％，16.8％和8.7％，累计贡献度达62%。主坐标三维图表明，基于SSR分子标记可

7、以将115份大麻种质明显划分为四个组群。(5)不同组群的遗传距离以及组群内的遗传关系分析。四个组群中，中国北部、欧洲具有较近的亲缘关系，可能是由于中国北部与欧洲具有相似的纬度。中国中部和中国南部组群的遗传距离最小，中国北部和中国南部组群的遗传距离最大，并且中国中部组群具有最高的遗传多态性。此结果为大麻种质资源的收集和利用奠定了良好基础。关键词：大麻，SSR标记，聚类分析，遗传多态性VAbstractCannabissativaL.,amemberoftheCannabinaceae,isanannua

8、lherbaceousplant.Itisanimportanteconomicplantfortheproductionoffood,fiberandintoxicants.Chinahasalonghistoryandrichgermplasmresources.Inthisstudy,wedevelopedtheSSRmarkersbasedoncannabistranscriptomesequenceinformationforthefirstt