鸭疫里默氏杆菌毒力基因的鉴定及功能分析

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1、密级:论文编号:中囯农业科学院学位论文鸭疫里默氏杆菌毒力基因的鉴定及功能分析Genome-wideIdentificationandFunctionalStudyofVirulenceGenesinRiemerellaanatipestifer博士研宄生：王小兰指导教师：于圣青研究员申请学位类别：农学博士专业：预防兽医学研究方向：动物流鮮培养单位：上海兽医研究所研宄生院2015年6月独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研宄工作及取得的研究成果。尽我所知，除/文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研宂成果，也不

2、包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研宄所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。月Ifl关于论文使用授权的声明本人完企了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。月"Hi中国农业科学院博士学位论文评阅人、答辩委员会签名表论文题目鸭疫里默氏杆菌毒力基因的鉴定及功能分析P动物传染病及其病原论

3、文作者王小兰专业预防兽医学研究方向分子流行病学1丨指导教师于圣青培养单位(研究所、中心）i姓名职称单位专业盲评评阅盲评人盲评辩周继勇教授浙江大学微生物学主席秦爱建教授扬州大学预防兽医学孙建和教授上海交通大学预防兽医学答丁铲研究员上海兽医研究所预防兽医学辩李泽君研究员上海兽医研究所预防兽医学委刘光清研究员上海兽医研究所预防兽医学员李国新研究员上海兽医研究所预防兽医学会议记录（秘书）顾惠明论文答辩时间地点2015年5月25日上海兽医研究所A309室密级:论文编号:中国农业科学院学位论文鸭疫里默氏杆菌毒力基因的鉴定及功能分析Genome-wideIdentific

4、ationandFunctionalStudyofVirulenceGenesinRiemerellaanatipestifer博士研究生：王小兰指导教师：于圣青研究员申请学位类别：农学博士专业：预防兽医学研究方向：动物传染病及其病原分子流行病学培养单位：上海兽医研究所研究生院2015年6月Secrecy:No.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationGenome-wideIdentificationandFuncionalStudyofVirulenceGenesinRiemerellaanatipe

5、stiferPh.D.Candidate：XiaolanWangSupervisor：Prof.ShengqingYuMajor：PreventiveVeterinaryMedicineSpecialty:AnimalInfectiousDiseaseandMolecularEpidemiologyJune2015摘要鸭疫里默氏杆菌可感染鸭、鹅、火鸡等多种鸟类引起多发性渗出性炎症和全身性败血症。家鸭感染后，以纤维素性心包炎、肝周炎、气囊炎等广泛的纤维素性炎症为临床特征。本病在世界各地广泛分布，具有较高的发病率和死亡率，是引起养鸭业重大经济损失的传染病之一。目

6、前，GenBank数据库中关于鸭疫里默氏杆菌的全基因组序列信息非常有限，并且，鸭疫里默氏杆菌的致病机制仍不清楚。为了更好地研究鸭疫里默氏杆菌的遗传规律和致病机制，本研究测定了血清2型鸭疫里默氏杆菌强毒菌株Yb2的全基因组序列，并采用转座子随机诱变技术在全基因组范围内对鸭疫里默氏杆菌毒力基因进行了鉴定和功能分析。本研究运用IlluminaMiseq测序平台对鸭疫里默氏杆菌Yb2株进行全基因组序列测定，经序列拼装和基因缺口修补，最终得到一条完整的线性基因组序列，长度为2,184,066bp，GC含量为35.73%。Yb2基因组包含2,073个基因，38个tRNA

7、，6个rRNA和1个其他非编码RNA。经IslandView软件预测，Yb2基因组含6个基因岛，编号为GI-1~GI-6。在2,021个具有明确生物学功能的蛋白中，1,214个蛋白具有COG分类，1,217个蛋白具有KEGG的ortholog。分析脂多糖合成途径蛋白，预测获得11个与脂多糖合成相关的基因，主要参与类脂A的合成。基因组比对分析发现：Yb2基因组与DSM15868、RA-GD、RA-CH-1和RA-CH-2菌株基因组的共线性区块数依次为50、29、203和42；Yb2基因组存在4个倒位同源性区块，但是并无大片段序列的重排现象。基于16SrDNA构

8、建了鸭疫里默氏杆菌的系统发育树，其中Yb2与RA-G