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1、Illumina文库制备概述及选择范锐IlluminaTechnicalSupporttechsupport@illumina.com400-635-9898©2013Illumina,Inc.Allrightsreserved.Illumina,IlluminaDx,BaseSpace,BeadArray,BeadXpress,cBot,CSPro,DASL,DesignStudio,Eco,GAIIx,GeneticEnergy,GenomeAnalyzer,GenomeStudio,GoldenGate,HiScan,HiSeq,Infi
2、nium,iSelect,MiSeq,Nextera,NuPCR,SeqMonitor,Solexa,TruSeq,TruSight,VeraCode,thepumpkinorangecolor,andtheGeneticEnergystreamingbasesdesignaretrademarksorregisteredtrademarksofIllumina,Inc.Allotherbrandsandnamescontainedhereinarethepropertyoftheirrespectiveowners.概述TruSeqDNADN
3、ANexteraDNARNAmRNATotalRNASmallRNAEnrichmentTargetAmplicon2TruSeqDNA文库制备试剂盒TruSeqDNATruSeqTruSeqTruSeqNanoDNAPCR-freeChIP-Seq-起始样本量1-2ug-实验流程仅半天-起始样本量100-200ng-仅需要5ngChIP-DNA作为起始材料-片段筛选不需要割胶回收-片段筛选不需要割胶回收-需要割胶片段筛选-PCR-free-去除了PCR产生的偏向性3COMPANYCONFIDENTIAL–DONOTDISTRIBUTETruS
4、eqNanoDNA文库制备试剂盒4TruSeqNanoDNA较低的DNA起始量却能得到卓越的基因组覆盖率和均一度适用于有限DNA起始量的全基因组重测序项目–适合各种大小基因组–由于其均一的的覆盖度，非常适合从头组装（denovoassembly）测序较低的起始量要求–仅需要100–200ng起始DNA–操作手册支持两种不同插入片段长度(350bp&550bp)–仅350bp长度插入的文库支持HiSeqX平台更短时间的解决方案–约6个小时的操作时间–试剂盒包含片段筛选（无需割胶）所需试剂–低通量（24个样本）和高通量（96个样本）可灵活选择5Tr
5、uSeqNanoDNA文库制备试剂盒全部试剂包含在内，端到端的解决方案TruSeqNanoDNALTTruSeqNanoDNAHT24个样本96个样本两种包装（SetA&B）一个包装每个包装含12个单端标签（single-index）试剂含96个双端标签（dual-index）试剂标签试剂用1.5ml管存放标签试剂用96孔板存放样本纯化磁珠样本纯化磁珠6TruSeqNanoDNA文库制备实验流程关键点利用Covaris仪器打断DNA至两种不同插入片段大小DNA打断•350bp或550bp•DNA打碎后立即进行一次纯化（磁珠法）末端修复片段筛选磁
6、珠法片段筛选（磁珠法）•该步骤对片段大小分布和文库产出至关重要加A尾加完A尾后必须进行酶的热失活•减少接头二聚体的形成接头连接连接反应的效率与起始DNA量是否准确密切相关PCR7Step1:利用CovarisShearing片段化基因组DNAAdaptivefocusedacoustics(自适应聚焦声波)在样本中造成气穴现象,从而机械性地切断DNA优点:可重复性;相对于hydroshear或nebulization（雾化法）具有较窄的片段分布和较少的样本损失可使用的Covaris设备包括单管模式的S220、M220和96孔板模式的E210Ca
7、vitation（气AnalyzeResultsSampleAdded穴）InducedbywithAgilenttoAFAtubeSetUpCovarisUltrasonicBioanalyzerVibration8Step2:末端修复酶反应将粘性末端补平，使片段化后的DNA为平末端–3’端到5’端的外切酶去掉3’端的突出–5’端的突出由DNA合成酶补平–5’端在PNK酶作用下被磷酸化30ºC温浴30分钟PPPPPP9Step3:利用样本纯化磁珠（SPB）进行片段筛选大分子量的DNA片段在第一步小分子量的DNA筛选中被去除片段在第二步筛选中被
8、去除片段筛选之前片段筛选之后10SPB如何进行片段选择?SPB选择性结合的DNA片段范围能够通过加入DNA样本中的磁珠体积来控制•根据加入SPB体积不
