生物序列分析

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1、《生物信息学》实验报告评分大理大学实验报告课程名称生物信息学实验名称生物序列分析2015—2016学年度第3学期一、实验目的掌握这门课程基础。二、实验环境1、硬件配置：Intel（R）Core(TM)i54200MCPU@2.50HZ2.50HZ第44页共44页《生物信息学》实验报告三、实验内容第一轮1、世界三大核酸数据库是什么？分别查出主页2、查询GENBANK数据量、SWISS-PROT数据量和PubMed中“protein”的研究文件3、用GENSCAN预测AC002390序列的基因/外显子4、用CpGplot预测AC002390序列的CpG岛第二轮1、用POLYAH

2、预测AC002390序列的转录终子信号2、用promoterScan预测AC002390序列的启动子区域3、用CodonW分析waxy基因所得的RSCU值和个数4、用ProtParam分析G00016序列理化性质第三轮1、用ProtScale分析P02699序列疏水性2、用TMpred分析P51684序列跨膜螺旋区3、用SignaIP分析P05019序列前导肽4、用COILS分析GO45_HUMAN卷曲螺旋5、生物分子网络主要有哪些？其特点？第四轮1、使用BLAST搜索ZEB1基因和ZEB1蛋白质2、使用BLAST搜索ZEB2基因和ZEB2蛋白质3、使用BLAST搜索FN1

3、基因和FN1蛋白质4、使用BLAST搜索CD44基因和CD44蛋白质5、收集蛋白质互作数据库，并且将其基本信息制成一张表格第五轮1、使用ClustalX软件进行多序列比对，文件为miR-19.fasta2、使用ClustalX软件进行多序列比对，文件为SARS-19.fasta3、使用MEGA软件进行系统进化树分析，分析文件为miR-19.fasta4、使用MEGA软件进行系统进化树分析，分析文件为SARS-19.fasta5、搜集miRNA靶基因数据库，并且将其基本信息制成一张表格四、实验结果与分析第一轮1、世界三大核酸数据库是什么？分别查出主页第44页共44页《生物信息

4、学》实验报告图1：EMBL数据库主页图2：DDBJ数据库主页第44页共44页《生物信息学》实验报告图3:GenBank数据库主页分析:图1:欧洲分子生物学实验室EMBL，目的在于促进欧洲国家之间的合作来发展分子生物学的基础研究和改进仪器设备、教育工作等。图2:DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列，数据库通过WWW环球网，匿名FTP，e-mail或Gopher方式为广大研究人员服务。图3:NCBI中的GenBank是指美国国立生物技术信息中心,基本研究包括四项：建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知

5、识的存储和分析的自动系统；实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究；加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用；全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。2、查询GENBANK数据量、SWISS-PROT数据量和PubMed中“protein”的研究文件第44页共44页《生物信息学》实验报告第44页共44页《生物信息学》实验报告图4：查询GENBANK的数据量及放大图第44页共44页《生物信息学》实验报告图5：查询SWISS-PROT数据量结果及放大图第44页共44页《生物信息学》实验报告图6：PUBMED中pro

6、tein的研究文献3、用GENSCAN预测AC002390序列的基因/外显子第44页共44页《生物信息学》实验报告图7：GENSCAN的操作界面及放大图第44页共44页《生物信息学》实验报告第44页共44页《生物信息学》实验报告第44页共44页《生物信息学》实验报告图8：用GENSCAN预测AC002390序列的基因/外显子输出图分析：从上图中可以得知，GENSCAN可以对序列中的多个基因同时进行识别，且对由序列中识别出的基因按顺序进行编码，P表示分析结果为外显子的可能性，外显子从1.01~1.12有11个外显子，从532~657长度为126。当P>0.99时为可能性极高的

7、外显子，预测结果与实际完全吻合；当0.5

0.99时为中等可能性的外显子，预测结果与实际大多数情况下吻合；当P<0.5时为低可能的外显子，预测结果不可靠。4、用CpGplot预测AC002390序列的CpG岛第44页共44页《生物信息学》实验报告图9：CpGplot操作界面及放大图第44页共44页《生物信息学》实验报告图10：用CpGplot预测AC002390序列的CpG岛输出图分析：从上图可知CGP岛为位于启动子和第一外显子区域，长度超过200bp的为CPG岛。第二轮1、用POLYAH预测AC002390序