黑线仓鼠OPN5的部分克隆及生物信息学分析

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1、黑线仓鼠0PN5的部分克隆及生物信息学分析邓文翠徐金会薛慧良吴明徐来祥阜师范大学生命科学学院摘要:神经视蛋口(Ncuropsin,OPN5)是非视觉成像蛋口的重要成员Z—，主要分布于动物的眼睛、脊髓、大脑和睾丸中，是动物感光物质的重要组成成分•文章以黑线仓鼠(Cricetulusbarabensis)为动物材料，利用RT-PCR技术克隆得到黑线仓鼠OPN5基因的eDMA序列1340bp(KY949483)•生物信息学分析表明，该序列包括一个完整的开放阅读框架1134bp,部分5'端非翻译区和部分3'端非翻译区;序列G+C含量远高于A+T含量，提示其Tm值较高，热稳定性强;编码377个氨基酸;

2、蛋口质序列组成、跨膜区和疏水性分析、信号肽分析等均表明，OPN5序列包含N端胞外区、跨膜域和C端胞内域，整体疏水性较强，没有信号肽，不属于分泌蛋白，这些特征均与OPN5膜蛋白的属性相符;OPM5包括7个跨膜拓扑结构、一个G蛋白偶联受体家族和一个视黃醛结合位点，第7个跨膜结构的赖氨酸残基与OPN5对紫外光的敏感性有关；同源性对比显示，黑线仓鼠与屮国仓鼠(Cricetulusgriscus)、金仓鼠(Mcsocricctusauratus)、小鼠(Musmusculus)亲缘关系较近，而与灵长类、偶蹄类的物种亲缘关系均较远，这与传统的物种分类相一致，证实所克隆到的序列正确，同时提示OPN5进化的

3、保守性•木研究为探究OPN5视蛋白在动物繁殖调控中的作用奠定了基础，具有重要理论的意义.关键词：黑线仓鼠;OPN5;克隆;生物信息学;光感受器;作者简介：邓文翠，女，1992-，硕士，研究方向：动物分子遗传学;E-mail:25108735l@qq.com.作者简介：徐来祥;男，1960-,教授，硕士生导师;研究方向:动物分子生物学与生态学;E-mail:xulx@mai1.qfnu.cdu.cn.收稿日期：2017-06-13基金：国家自然科学基金(31670385,31570377)CloneAndBioinformaticAnalysisOf0PN5InCricetulusBarabe

4、nsisDENGWen-cuiXUJin-huiXUEHui-liangWUMingXULai-xiangCollegeofLifeSciences,QufuNormalUniversity;Abstract：Opsinisoneimportantmemberofnon-visualopsinwhichmainlydistributedintheanimal"seyes,spinalcord,brainandtestisanditisanimportantcomponentofphotographicmaterialinanimals.Basedonthestripedhamsters(Cr

5、icetulusbarabensis)formaterials,thecDNAsequenceofOPN5isclonedbyRT-PCR.Thesequenceis1340bpinlength,containingpartofthe5’noncodingregion,partofthe3’noncodingregionandacompleteopenreadingfreimeof1134bpwhichencodesapolypeptideof377aminoacidsresidues(KY949483)•ThecontentofG+CishigherthanA+Tinthesequence

6、,indicatingthatitsTmvalueishigherandthethermalstabilityisstrong.Theanalysisofaminoacidscomposition,transmembraneregionandhydrophobicitysuggeststhatOPN5containsN-terminaltheextrace1lularregion,tnmsmembranedomainandtheC-terminalintrcicellulcirregioncindthewholehydrophobicityisstrong.Thesignalpeptidea

7、nalysisshows0PN5isnotsecretedproteinsduetothelackofsignalpeptide.Allthesecharacteristicsareconsistentwiththepropertiesofthe0PN5asmembraneprotein.Sequenceanalysisshowedthat0PN5consistsof7transmembranetopolog