漳州西施舌线粒体基因组全序列腔蛤蜊属(Coelomactra)存在新种的证据.pdf

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1、第35卷第3期海洋学报v01．35，No．32013年5月ACTAOCEANOLOGICASINICAMav2013Doi：10．3969／j．issn．0253—4193．2013．03．024孟学平，申欣，赵娜娜，等．漳州西施舌线粒体基因组全序列：腔蛤蜊属(Coelomactra)存在新种的证据[J]．海洋学报，2013，35(3)：204—214．MengXueping，ShenXin，ZhaoNana，eta1．ThecompletemitochondrialgenomeofZhangzhouCoelomactraantiquata：theevide

2、nceofanewspeciesingenusCoelomactra(Mollusca：Mactridae)[J]．ActaOceanologicaSinica(inChinese)，2013，35(3)：204—214．漳州西施舌线粒体基因组全序列：腔蛤蜊属(Coelomactra)存在新种的证据孟学平1，申欣1，赵娜娜1’2，田美1，梁猛1，郝珏1，程汉良1，阎斌伦1，董志国1(1．淮海工学院海洋学院，江苏省海洋生物技术重点实验室，江苏连云港222005；2．南京农业大学资源与环境科学学院，江苏省海洋生物重点实验室，江苏南京210095)摘要：利用长PC

3、R扩增漳州西施舌线粒体DNA(ZZ—mtDNA)，用引物步移法测序，获得线粒体基因组DNA全序列，研究其基因组特点。结合双壳类49个物种线粒体全基因组，分析基因间核苷酸和蛋白质氨基酸序列的差异，构建系统进化树，探讨漳州西施舌系统演化地位。研究结果表明：漳州西施舌线粒体基因组DNA全长17199bp，A+T含量为64．2％，编码36个基因，其中12个蛋白质编码基因，22个转运RNA基因(水NAs)，2个核糖体RNA基因(Zr尺NA和srRNA)，全部基因均位于重链上，tRNA断为单拷贝，tRNA脚为双拷贝；非编码区占10．9％(1882bp／17199bp)，

4、其中，主非编码区为882bp，与RZ--mtDNA主非编码区差异明显，另有一个较大(400bp)的非编码区为漳州西施舌特异性非编码区；以双壳纲帘蛤目文蛤属3种贝类、贻贝目贻贝属4种贝类、珍珠贝目牡蛎科的6种贝类为参照，对编码基因的核苷酸序列和蛋白质氨基酸序列进行差异分析显示，漳州西施舌与日照西施舌达到了种间差异水平。线粒体基因组编码的基因、tRNA组成、非编码区均揭示漳州西施舌是腔蛤蜊属的一个新种。关键词：西施舌；线粒体基因组；遗传差异；新种中图分类号：Q959．215文献标志码：A文章编号：0253—4193(2013)03—02041l1引言线粒体基因组

5、是可靠的系统发生分析标记。双壳类线粒体基因组大小在15．8～32．1kb之间，一般编码13个蛋白质基因、2个核糖体rRNA基因和22个左右tRNA基因[1]，另尚有主非编码区(maJornon-codingregion，MNR)，后者承担着转录和翻译的起始作用。线粒体基因组全序列为系统发育研究提供更多的序列信息而被应用于动物高阶元的系统发育研究。此外，线粒体DNA基因的排列也为双壳类的进化关系研究提供了宝贵的基础资料心J。西施舌是双壳纲(Bivalvia)、帘蛤目(Veneroida)、蛤蜊科(Mactridae)珍贵的经济贝类，自然分布于太平洋西部的日本、

6、朝鲜、韩国、中国沿海和印度半岛[3j，我国收稿日期：2012—06—02；修订日期：2012—12—20。基金项目：江苏省海洋生物技术重点实验室开放课题(2011HS009，2009HSl3)；国家自然科学基金(40906067)；江苏省“青蓝工程”人才基金(苏教师[2010127号)；江苏省自然科学基金项目(BK2007066)；中央财政支持地方高校发展专项资金资助(CXTD01，CXTD04)；江苏省海洋资源开发研究院科技开放基金(JSIMRllBl9)。作者简介：孟学平(1955--)，男，内蒙古自治区商都县人，教授，主要从事水生生物生化与分子生物学研

7、究。Email：mxp2002@hotmail．corn3期孟学平等：漳州西施舌线粒体基因组全序列：腔蛤蜊属(Coelomactra)存在新种的证据205资源量较大。目前(截止2012年8月20日)，在Gen—Bank和Mitozoa上可检索到的软体动物线粒体基因组全序列148个，其中双壳类线粒体基因组67个(45．3％0)，属于5个目。帘蛤目的有6个科15个种。蛤蜊科是帘蛤目的一个重要科，其种类分布于世界各地，目前确认的有348个种类，分别属于獭蛤亚科(Lutrariinae)和蛤蜊亚科(Mactrinae)2个亚科共计36个属。西施舌是蛤蜊亚科腔蛤蜊属仅

8、有的2个种之一，目前，双壳纲帘蛤目的文蛤属一一6]、