百日草几丁质酶基因片段克隆及其序列分析

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1、安徽农业科学，JournalofAnhuiAgri．Sci．2013，41(25)：10256—10258，10398责任编辑朱琼琼责任校对卢瑶百日草几丁质酶基因片段克隆及其序列分析张振鲁，张佳诗，隋丽，李启云，王金刚，盛岩，杜茜，汪洋洲(1．中国人民大学环境学院，北京100872；2．吉林省农业科学院植物保护研究所／农业部东北农作物有害生物综合治理重点实验室，吉林长春130033；3．东北农业大学园艺学院，黑龙江哈尔滨150030)摘要[目的]克隆百日草几丁质酶的基因片段，并对其序列进行分析。

2、[方法]以百日草“梦境”系列为材料，提取其叶片总RNA，并根据其他植物几丁质酶基因保守序列设计简并引物，通过RT—PCR克隆百日草几丁质酶基因片段(z)，并对该基因序列进行分析。[结果]克隆得到的片段长度为227bp，共编码75个氨基酸残基；核苷酸同源性分析表明，ZEchi与已报道的其他植物几丁质酶基因同源性达70％以上，其中与葡萄的同源性最高，为74％；氨基酸同源性分析表明，该几丁质酶多肽属于l8家族几丁质酶，且与已报道的其他植物几丁质酶氨基酸序列具有70％以上的相似性；氨基酸聚类分析表明，该

3、几丁质酶多肽与白车轴草和蒺藜苜蓿的几丁质酶聚类；生物信息学分析表明，由该基因片段编码的多肽为非跨膜蛋白，主要含d螺旋和随机线圈螺旋等二级结构。[结论]该研究为进一步研究几丁质酶基因的功能奠定了基础。关键词百日草；几丁质酶基因；克隆；序列分析中图分类号S681．9文献标识码A文章编号0517—6611(2013)25—10256—03GeneCloningandSequenceAnalysisofChitinaseGeneinZinniae~gansZHANGZhen．1uetal(Schoolo

4、fEnvironmentandNaturalResources．RenminUniversityofChina，Beiiing100872)Abstract[Objective]TheaimwastocloneandanalyzethesequenceofchitinasegenesegmentinZinniaelegans．[Method]Usingthe“Dreamland”seriesofZ．elegansasmaterials．thetotalRNAoftheleaveswasextra

5、ctedfrom．Thedegenerateprimersweredesignedaccord．ingtotheconservativesequencesofchitinasegeneinotherplants，andthechitinasegenesegmentofZ．elegans(ZEchi)wasclonedbyRT—PCR，andthenthegenesequencewasanalyzed．[Result]Theclonedsegmentwas227bpandencoded75amin

6、oacidresidues；homologyanalysisofthenucleotidesshowedthatthesequenceofzEchihadmorethan70％similaritywiththoseofotherreposedplants’chitinasegene，andithadthehighesthomologywithVitisvinrⅡof74％；homologyanalysisofthededucedaminoacidsshowedthatthechitinasepo

7、ly—peptidebelongedtothe18familychitinaseandthesequencehadmorethan70％similaritywiththoseofotherreposedplants’chitinase：ami—noacidsclusteranalysisshowedthatthechitinasepolypeptidewasclusteredtogetherwithTrifoliumrepensandMedicagotruncatula；bioinfor—mat

8、iesanalysisshowedthatthepolypeptidewasnotatransmembraneproteinandmainlycontainedtwosecondarystructureofalphahelixandrandomcoil．IConclusionlThestudylaidafoundationforthefurtherstudyonthefunctionofchitinasegene．KeywordsZinniaelegans；Chitinasegene；Clone