西施舌cyt b基因核苷酸差异分析

《西施舌cyt b基因核苷酸差异分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、第29卷第9期水产科学Vo1．29NO．9201O年9月FISHERIESSCIENCESep．2010西施舌Cytb基因核苷酸差异分析孟学平，申欣，张波，程汉良，田美，郑雯雯(淮海工学院海洋学院，江苏省海洋生物技术重点实验室，江苏连云港222005)摘要：从线粒体DNA水平对我国沿海西施舌进行了遗传差异和系统发育研究，为其保护和可持续利用提供理论依据。对4个不同地理群体西施舌Cytb基因片段进行了扩增、测序，利用MEGA4．1进行序列比对分析，以文蛤和中华文蛤为外类群，构建系统进化树。结果获得394bp的Cytb基因片段，其T、C、A、G含量分别为38．4、1

2、6．9、23．6、21．1％，A+T含量明显高于G+C含量。在394bp比对位点中，有318个保守碱基，76个变异位点。其中，7O个简约信息位点。长乐与其他3个群体之间的遗传距离为0．194~0．209。氨基酸序列比对结果显示长乐群体与3个非长乐群体有7个位点的氨基酸差异，遗传距离为0．053。由此可见长乐群体是一个具有明显分子遗传特征的独立群体。关键词：西施舌；Cytb；遗传差异中图分类号：Q786文献标识码：A文章编号：1003一儿ll(2010)09—0537—06西施舌(Coelomactraantiquata)属双壳纲、帘1．2试验试剂及仪器蛤目、蛤蜊

3、科、腔蛤蜊属，分布于日本、韩国、朝鲜和主要试剂：SDS裂解液(100mmol／LTris—C1，5中国沿海地区及印度半岛，在我国的辽宁、山东、江mmol／LEDTA，500mmol／LNaCl，1SDS，pH苏、福建、广东、广西沿海均有分布。近年来，由于7．5)，酚：氯仿：异戊醇(25：24：1)混合液，PK人类竭泽而渔的行为，西施舌的自然资源遭到了严蛋白酶，TE贮液(10mmol／LTris-C1，1mmol／L重的破坏[1]。西施舌种质资源的管理急需其遗传EDTA)，Taq聚合酶等，所用试剂均为国产分析纯。学资料。有关西施舌遗传结构及群体遗传多差异主要仪器：

4、EppendorfCentrifuge5417R(德国的研究已有报道[2-6]，但尚不能反映中国西施舌群艾本德公司)高速冷冻离心机，ChemiDocXRS凝体遗传状况全貌，需要更多的分子生物学标记研究胶成像系统(美国Bio—Rad公司)伯乐，BIO-RAD结果给以补充。线粒体DNA分子结构简单，母系PCR仪(美国Bio—Rad公司)。遗传，进化速率快，解析能力强，检测方便。其中线1．3试验方法粒体Cytb基因被广泛地用于动物遗传变异和系统基因组DNA提取采用张波等[7]的DNA提取发育研究。但在海产双壳贝类的遗传差异分析中方法。应用较少。为此，笔者研究分析了辽宁

5、大连、江苏PCR体系：10×buffer和Mg。(25mmol／L)启东、福建长乐和广西北海4个地理群体西施舌各2．5l，dNTP1．01(10mmol／L)，上下游引物Cytb基因片段核苷酸及其编码的氨基酸序列差各0．8l(10nmol／L)，模板量0．5l(约50ng基异，旨在了解不同地理群体西施舌Cytb基因的遗因组DNA)，TaqDNA聚合酶0．41(2U)，加传特征及群体间的遗传关系，为西施舌资源保护和ddH2O至25肚I。PCR条件：94℃预变性5min，94利用、增养殖及杂交育种提供资料。℃变性45S；40℃退火45S；72℃延伸90S，35个循环

6、，72℃延伸，PCR产物4℃保存。1材料与方法所用引物为Boore等[8]所报道的Cytb通用引1．1试验材料物：CytbF：GGWTAYGTWYTWCCWTGR本研究所用的西施舌样本分别采自福建长乐、GGWCARAT，CytbR：GCRTAWGCRAAW江苏启东、辽宁大连和广西北海，共24个个体，群ARRAARTAYCAYTCWGG，(W：A，T；Y：C，体编号分别为C、Q、D、G。每个群体样本数为9、5、T；R：A，G)。序列测定及分析：PCR产物送上海生5、5。取斧足肌用75的乙醇固定，4℃保存备用。工生物工程技术有限公司纯化并双向测序。利用收稿日期：20

7、10—01—04；修回日期：2010-04—02．基金项目：江苏省自然科学基金资助项目(BK2007066)；江苏省海洋生物技术重点实验室开放课题(2005HS009)；江苏省海洋生物技术重点建设实验室开放课题(2009HS13)；江苏省教育厅自然科学基金资助项目(O5SJD24OO28)．作者简介：孟学平(1955一)，男，教授，硕士，研究方向：水生生物生化及分子生物学；E-mail：mxp2002@hotmail．tom．永产祷聿第29卷DNAStar软件包、MEGA4．1软件和序列峰图软件2．2西施舌不同群体Cytb基因片段组成及其序Chromas对Cyt

8、b基因进行核苷酸和氨基酸