我国甲型肝炎病毒BJ73株全基因组测定与分析-论文.pdf

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1、华实验和临床病毒学杂志2014年4月第28卷第2期ChineseJExpClinViro1．April2014．V01．28．No．2·l05-．论著我国甲型肝炎病毒BJ73株全基因组测定与分析王昊，曹经瑗，毕胜利【摘要】目的从北京地区一例急性期甲肝患者血清中提取甲肝病毒核酸，获得一株甲肝病毒(HAV)全基因组序列，进行相关分析。方法分8段设计16对重叠基因片段引物，经提取病毒RNA、反转录、巢式PCR扩增及产物直接测序获得序列。结果获得的BJ73全基因组核苷酸全长7477bp，编码含2227个氨基酸的多聚蛋

2、白；同源比对发现BJ73核苷酸和氨基酸序列均与LU38同源性最高，分别为99．1％和99．7％；VP3一VP1区域内已发表的抗原中和位点处未发现氨基酸变异；分别基于全基因序列和不同区段序列构建系统进化树，均表明BJ73病毒株属于IA亚型；选择压力分析表明全编码区处于负向选择。结论本实验得到的相关数据为我国甲肝病毒基因型分布、病毒进化等研究提供了依据和实验基础。【主题词】肝炎病毒，甲型；基因；序列分析Analysisoffull-lengthhepatitisAvirusgenomeisolatedfromap

3、atientwithacutehepatitisAinBeijingWangHao，CaoJingyuan，BiShengli．InstituteforViralDiseaseControlandPrevention，ChinaCenterforDiseaseControlandPrevention，Beng102206，ChinaCorrespondingauthor：CaoJingyuan，Email：caojy@126．corn【Abstract】0bjectiveToidentifythecomple

4、tenucleotidesequenceofhepatitisAvirus(HAV)extractedfromserumofanacutehepatitisApatientin2007(BJ73)inBeijing．MethodsThefu11genomicsequencewassequencedandsubjectedtothephylogeneticanalysisusingBioedit7．0，MEGA5andHyPhy．ResultsThegenomeofBJ73consistedof7477nucl

5、eotides，encodingapolyproteinof2227aminoacids．SequencecomparisonshowedthatBJ73sharedthehighestidentitiesof99．1％fornucleotideand99．7％foraminoacidwithLU38．AminoacidchangewasnotobservedinreferencetopublishedneutralizingantigenicsitesinVP3一VP1regions．Phylogeneti

6、canalysisincludedtheBJ73sequenceinsubgenotypeIA，eitherconsideringdifferentfragmentsorthefulllengthnucleotidesequence；negativeselectionwasfoundincodingregions．ConclusionThisarticleprovidesnewdataONthedistributionofgenotypeandvirus~evolutionofHAVisolatedfromC

7、hina．【Keywords】HepatitisAvirus；Genes；Sequenceanalysis病毒基因序列测定是研究基因型别和系统进化列，并进行相关分析，为更深入了解我国HAV型别最可靠的方法之一。我国是HAV高流行地区，尽管分布类型和进化规律提供了一定的基础。近年来甲肝发病率有所下降⋯，但其所引起的社1材料与方法会、经济负担仍不可忽视。国外已测定多株HAV全基因组序列，来自我国HAV全基因组序列却相对较1．1血清标本来源和试剂血清标本来源于北京少，本研究从北京地区一例急性期甲肝病人血一例急性期甲

8、肝病例，收集时间为2007年，抗HAV清中提取甲肝病毒核酸，获得一株HAV全基因组序IgM检测为阳性(试剂购自北京万泰生物公司)。编号为BJ73。RNA提取试剂盒、凝胶回收试剂盒购自DOI：10．3760／cma．j．issn．1003-9279．2014．02．010德国Qiagen公司，反转录使用Invitrogen公司的基金项目：国家高技术研究发展计划(863计划)(201IAA02A114)