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《2015年第02讲+蛋白质的折叠-02.ppt》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、1theCα-Cαdistancecut-offis4Å即产生局部有效接触的氨基酸基团的Cα原子不超过这个距离范围Contactorder(CO,接触序)2CO模型指出，对于两态折叠蛋白,局部有效接触(CO)越多，接触序的值越小，折叠速率(k)越快.Conclusion01:＜3CO模型的提出表明蛋白质的折叠速率主要由它的天然态结构(nativestate)所决定Conclusion02:4一般来说,α螺旋蛋白要比β蛋白折叠得快，用CO的理论解释，是因为α螺旋蛋白中含有大量的局部有效接触，所以有较低的CO值，较高的折叠速率。Co
2、nclusion03:5接触序的理论说明,折叠成有效接触多的三维结构,这样的蛋白质三维结构能量稳定,折叠速率快。Conclusion04:6其他的基于有效接触序(ContactOrder,CO)思想的模型7Long-rangeOrder(LRO,长程有效接触序)whereiandjaretworesiduesforwhichtheCα-Cαdistanceis8Å(<)NristhetotalnumberofresiduesinaproteinDr.M.MichaelGromiha(Japan)8Totalcontactdist
3、ance(TCD,总接触距离)Prof.Zhou,Yaoqi(IndianaPurdue)TCD=CO(接触序)xLRO(长程接触序)*在CO与LRO所取参数相当的情况下Li,j考虑了长、短程有效接触对折叠速率产生的共同作用9COLROTCD预测28个蛋白质10H-PLatticeModelH-P晶格模型11H-P晶格模型-[疏水(hydrophobic)-极性(polar)]2D-latticemodel3D-latticemodelProf.KenDill,UCSFlatticemodel(晶格点模型）12如果i和j在格点空
4、间中处于最近邻位置且在序列上不相邻则△(ri–rj)等于1,否则等于0;evivjforH-H=-2.3;forH-P=-1;forP-P=0;H=??H=??疏水残基表示为黑色，极性残基表示为白色晶格体系能量13Conclusion:晶格点模型提出:最优的蛋白质折叠构象，为所有可能的构象中具有最多H和H有效接触的那个构象。(H:疏水氨基酸)14Aballonafunnelalwaysrollsdirectlytothebottom,nomatterwhereitstarts.Correspondingly,proteinalw
5、aysreachesitssinglenativestate……151617更为精化的H-P晶格模型:Toy模型H=??氨基酸基团之间的夹角是任意的18ExperimentalMethods蛋白折叠的实验方法19CD(圆二色谱)20CD(圆二色谱)光学活性物质对左、右旋圆偏振光的吸收率不同,其光吸收的差值ΔA(Al-Ad)称为该物质的圆二色性(circulardichroism,简写作CD)21旋光物质对左旋和右旋圆偏振光的吸收不同,造成传播速度不同,振幅不同,合成光矢量叠加后将不是线偏振光而是椭圆形。22用CD研究细胞色素C的
6、折叠a-helixformationismorerapidthantertiarystructurerearrangementsofaromaticsidechainsinthefoldingofcytochromec.ThekineticsofthesechangesweredeterminedbyCDat222and289nm23色谱(Chromatography)24利用色谱捕获双硫键形成的中间态利用iodoacetate(alkylatingagent).TheS-carboxymethylderivativeofcys
7、teineisstable,whichbedeterminedusingchromatographicseparation.25StructureofBPTIBovinepancreatictypsininhibitor(BPTI)hasthreedisulfidebonds.26FRET(荧光共振能量转移)27donor-acceptor的激发光谱相重叠时,donor诱发acceptor发出荧光，同时donor荧光分子自身的荧光强度衰减。FRET程度与供、受体分子的空间距离紧密相关，一般为7～10nm时即可发生FRET;随着距
8、离延长，FRET呈显著减弱。FRET(荧光共振能量转移)28FRET原理示意图29荧光共振仪30FRET(荧光共振能量转移)Probingthefree-energysurfaceforproteinfoldingwithsingle-moleculefluor
