干旱胁迫下甘蔗苗期根系全长cDNA文库构建及EST序列分析.pdf

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1、南方农业学报JOURNALOFSOUTHERNAGRICULTURE2012，43(6)：733—737ISSN2095—1191；CODENNNXAABhttp：／／www．nfnyxb．cornDOI：10．3969／j：issn．2095-1191．2012．06．733干旱胁迫下甘蔗苗期根系全长cDNA文库构建及EST序列分析罗海斌1，曹辉庆1，魏源文p，邓智年1，潘有强1，郭元元1，何海波1，李杨瑞1’2+(1广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室；2农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室，南宁530007)摘要：【目的】构建甘蔗根系全长cDNA文库，并进行测序，

2、为分离克隆甘蔗抗旱候选基因奠定基础。【方法】在干旱胁迫条件下，以新台糖22号甘蔗根系为材料，采用SMART技术构建cDNA文库，并进行EST序列分析。【结果】文库构建质量鉴定结果显示，文库库容量为1．Oxl06PFU／mL，重组率约95％，文库插入片段长度在500～2000bp，平均长度约1102．1bp。挑选526个阳性克隆进行单向测序后，共获得523个ESTs序列，去除载体、接头序列以及长度低于100bp的序列后，进行聚类分析并组装，共得至11468个Uni—ESTs，其中congtig29个，singlets439个，分别占总数的6．5％和93．5％。通过与NCBHE冗余

3、蛋白库进行BLASTXEL对，发现444个Uni—ESTs在GenBank有同源序列，占94．87％；获得24个未知蛋白功能基因，占5．13％“结论】构建了干旱胁迫下甘蔗苗期根系全长cDNA文库，获得523个ESTs序列和468个Uni—ESTs，并获得一批新的未知蛋白功能基因。关键词：cDNA文库；甘蔗；根系；表达序列标签；测序中图分类号：$566．1文献标志码：A文章编号：2095—1191(2012)06—0733—05Constructionoffull-lengtheDNAlibraryanditsESTsequenceanalysisinsugarcaneroota

4、tseedlingstageunderdroughtstressLUOHai—binl，CAPHui—qing1，WEIYuan—wen”，DENGZhi-nianl，PANYou—qiang1，GUOYuan-yuanl，HEHai-b01，LIYang-rui1，2+(1GuangxiCropGeneticImprovementandBiotechnologyLab；2KeyLaboratoryofSugarcaneBitechnotogyandGeneticImprovement(Guangxi)，MinistryofAgricuhrue，Nanning530007，Ch

5、ina)Abstract：【Objective】ThepresentexperimentwasconductedtoconstructcDNAlibraryofsugarcanerootlengthandsequencingtoprovidereferreneeonisolationandcloneofexpresseddroughtgenes．【Method】Underdroughtstresscondi—tions．cDNA1ibraryofROC22sugarcanerootwasconstructedusingSMARTtechnologyanditssequencew

6、asanalyzed．【Result】Theidentificationresultsoflibraryconstructionqualityshowedthatthelibrarystoragecapacitywas1．0x106PFU／mLandrecombinationlatewasabout95％．theinsertslengthwasabout500to2000bpandtheaverageJengthwasap—proximatelyl102．1bp．Atierunidirectionalsequencingof526positiveclones，atotalof5

7、23ESTssequenceswasobtained．Amongthem，atotalof468Uni—ESTswasobtainedbyclusteranalysisandassemblingafterremovingvector，adapterse—queneeandthesequencewithlengthlessthan100bp．inwhichincluded29congtigsand439singlets，accountingfor6．5％and93．5％ofthetotal．r