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1、第一章文献综述1.我国大菱鲆养殖现状概述大菱鲆主要产于大西洋东侧沿岸，俗称欧洲比目鱼，在屮国又称“多宝鱼”和“蝴蝶鱼”，是名贵的低温经济鱼类，在鱼类分类学上隶属于硬骨鱼类、鲽形目、鲆科、菱鲆属，其属于北欧冷水鱼类。自然分布区北起冰岛，南至摩洛哥附近的欧洲沿海，相对生产于北海、波罗的海、冰岛和斯坎蒂纳维亚半岛附近海域。目前，英国、挪威、丹麦、法国、西班牙等国的生产量居世界前列，南美的智利也开始规模化养殖（庚莉萍，2003）。大菱鲜的特点是生长快，比一般比目鱼厚,体内无小骨乱刺，鳍条为软骨，出肉率高，肉质鲜
2、嫩，味道鲜美，营养丰富，经济价值高，胶质蛋白含量高，称它为“海中雉鸡”。20世纪80年代和90年代，我国北方沿海鱼类人工繁殖进入全面、持续发展阶段，经过长期考察与对比分析，最后选定原产于大西洋东北部沿海的大菱鲆作为引种对象，同时创建了与之相匹配的“温室人棚+深井海水”工厂化养殖新模式，为我国北方沿海幵辟了一项全新的海洋产业。实践充分证明，这一跨洋引种工程的学术意义和生产意义重大，其社会、经济与生态学的综合效应良好，为我国水产引种翻开了新的一页，并将在水产养殖界产生多方面的深远影响（雷霁霖，2002,20
3、03）。目前，我国大菱鲆苗种生产已经形成极具屮国特色的苗种生产体系，整个产业链基本实现了系列化、专业化和社会化生产经营，有效地提高了育苗成活率和降低了生产成本，现今苗种年产量接近2亿，产地主要集中在山东省，七全国苗种生产总量的90%以上（数据来源于国家鲆鲽类体系年度报告）。养殖模式方面，以“温室大棚+深井海水”工厂化养殖为主，2005年在山东等地开始尝试“陆海接力”，即采用网箱短期养殖人菱鲆，至2011年全国大菱衅网箱养殖面积达到156,200m2（其中山东省31,500m2,辽宁省3,200m2,福建
4、省120,900m2）,产量1834吨；循环水养殖作为一种工业化程度最高的养殖模式，在大菱解养殖业屮取得了长足进步，先后在山东、天津、河北和辽宁等省市，构建了多套大菱鲆封闭式循环水养殖系统，养殖效果良好。现今大菱鲆养殖规模空前壮大，并由北方逐渐辐射到其他沿海各省，养殖面积己达230多万,2010年养殖产量己达到6万吨，占世界总产量的87.1%。然而由于大菱鮮养殖业所产生的良好的经济和社会效益，众多的养殖业在毫无健康养殖理念的前提下，肓目追求经济发展，片面扩人养殖规模，任意增加养殖密度，引发了一系列相关的
5、生态和社会问题；同时海水养殖正处于空间、水资源、能源和环境的巨大压力下，等等这些问题严重影响丫人菱鲆养殖业的健康、稳定和快速发展。（王印庚2004）（王萍亚2007新形势下的人菱鲆养殖……）作为一种早期创新型养殖模式，我国的鲆鲽类初级工厂化生产，历时20年,已经发展到相当大的规模，使我国一跃成为世界第一鲆鲽类养殖大国。要解决我国海水鱼类养殖中存在的诸多问题，实现海水鱼类养殖业的健康可持续发展，“发展养殖，种业先行”是养殖业一条亘古不变的法则，必须大力加强遗传育种和良种选育工作，尤其要加强大菱鲆的良种选育
6、、全雌花和杂交育种等方而的研宂与开发，以培育抗逆性强、抗病力强、生长快、耐高温或耐低温的全人工良种，用以代替现有野生种的直接养殖(许可)，是当前鲆鲽类产业健康持续发展工作的重中之重。世界主要鲆鲽类产业国也积极致力于新的遗传资源、育种技术的开发与应用等研允工作。1.高通量转录组测序研究概述随着DNA测序技术的发展，新一代测序技术以其高通量、低成木的特点,成为越来越多的牛.物学研究者在开展工作时的首选。新一代高通量测序应用领域最为广泛的转录组测序，下面对其基木原理和流程、数据分析及其应用进行综述。2.1.基
7、本原理和流程转录组是指在一个土物体屮所有基因表达产物的总和。基于Illumina/Solexa高通量测序平台的转录组测序技术能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录情况进行检测，分析转录本结构及基因表达水平(图1-1)。图1-1高通量转录组测序流程图Fig.1-1High-throughputtranscriptomesequencingflowchart对于有基因组数据的，根据参考序列，比对分析后重新组装，称为重测序，在多种已经具有基因组序列的模式植物屮多有应用(CheungF,2006；WeberAP
8、,2007)。对于没有基因组数据的物种，要从头组装(BirolI,2009),将cDNA序列随机打散，读取各种长度的片段，按顺序拼接，固体到有弹性的底物支架上，使之固定住并在阵列上叠连成群，最后将支架上的间隙填补，组装成较长的可能有功能的序列。与已知序列对比分析，就可以确定具体的基因序列和基因功能，获得表达基因(RobertsonG，2010)。2.2.数据分析和应用对于真核生物基因组的研宄，与全基因组测序相比，由于少了内含子等序列，转录组
