烟草脉带花叶病毒山东分离物全基因组序列测定及分析

《烟草脉带花叶病毒山东分离物全基因组序列测定及分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、山东农业大学硕士学位论文烟草脉带花叶病毒山东分离物全基因组序列测定及分析姓名：袁彤彤申请学位级别：硕士专业：植物病理学指导教师：温孚江；朱常香20120615山东农业大学硕士学位论文中文摘要烟草脉带花叶病毒(Tobaccoveinbandingmosaicvirus，TVBMV)属于马铃薯Y病毒属(Potyvirus，PVY)，主要侵染茄科植物。近年来，TVBMV在山东省烟草生产上的发生呈现上升趋势，但目前关于TVBMV全基因组的研究仅限于云南省分离物YND和河南分离物HN39，不利于充分了解TVBMV在山东省的群体结构以及对其开展防治工作。2009年

2、和2010年，我们从山东省沂水、沂南、莒县、费县、莒南、诸城、平邑、昌乐、莱芜和沂源烟区采集到表现脉带花叶症状的烟草样品，分别通过5次反转录和一次5'-RACE，首次获得10个TVBMV山东省分离物的基因组全序列。与GenBank上登录的TVBMV分离物的序列进行比对分析。主要研究结果如下：1．核苷酸和氨基酸序列一致率比对结果表明，TVBMV具有明显的空间分布性，云南分离物与其他地区分离物的序列一致率低得多，但3'-UTR相对很保守。2．根据TVBMV全基因组序列、HC．Pro、P3、6K1和CP基因分别构建系统进化树，结果均表明，云南分离物单独组成一

3、组，TVBMV系统进化存在着空间分布性。基于更多的序列的分析，我们得到了不同于以往研究的分组情况。基于HC—Pro，可将TVBMV分为I组和II组两个大组，GroupI又可分为山东A组(SDA)、陕甘组(SG)和山东B组(SDB)三个亚组，云南分离物独自组成II组；基于P3和6K1，可将TVBMV分为I组和Ⅱ组两个大组，云南分离物独自组成II组，GroupI由山东组(SD)和陕甘组(SG)组成；基于CP，可将TVBMV分为三个大组，I组又可分为陕甘组(SG)和山东组(SD)两个亚组，云南分离物和国外分离物各独自成组。3．通过重组分析，我们发现3个TVB

4、MV分离物发生明显的重组事件，并且发现了TVBMV基因组中新的重组位点。除Zhang等报道的重组位点外，TVBMV在HC．Pro的3，末端、CI的3’末端、VPg的5’末端和NIb的5’末端也存在重组现象。3个TVBMV重组分离物大部分重组位点发生在基因编码区连接之部位，符合基因的模块进化理论。4．计算TVBMV山东省分离物所有编码基因的dN／ds值和种群发生状态。结果表明，TVBMV整个阅读框dN／ds值均小于1．0，处于负向选择状态，P1基因所承受的选择压力最强，而HC—Pro最弱：种群处于一个长期存在的稳定状态。5．通过序列分析发现，不同地域分布

5、的分离物基因序列Y-UTR的一致率最为稳定，可能是应用于抗TVBMV的最佳基因区段。关键词：烟草脉带花叶病毒；全基因组序列；系统进化分析；重组；分子变异烟草脉带花叶病毒山东分离物全基因组序列测定及分析Molecularcharacterizationof10tobaccoveinbandingmosaicvirusisolatesfromShandongprovinceAbstractTobaccoveinbandingmosaicvirus(TVBMV)isadistinctmemberofthegenusPotyvirus．Itmainlyinfe

6、ctssolanaceousplantsandTVBMVmaypotentiallyspreadquicklyandcauseseriousdamagestotobaccoproductionofShandongproveince。However,researchonTVBMVisverylimited，withthescarcedatathuspreventinganalysisofevolutionoftheentirecodingregionsofTVBMV．Specifically,theHC—Pro，P3，6K1andCPgeneshaveb

7、eenonlymoderatelystudied．Completegenomesofonlytwoisolates，YNDandHN39，havebeenreported．ThisisnegmiveforUStoanalyzethegeneticstructuresofTVBMVanddevelopefficientcontr01．TobaccoleaveswithveinbandingandyellowmosaicsymptomswereextractedfromYishui(YS)，Yinan(ⅥD，Juxian(JX)，Feixian(F)()，

8、Junan(∽，Zhueheng(ZC)，Pingyi(PⅥ，Changle(CL)，Laiw