MEGA计算序列间遗传距离.doc

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1、序列间遗传距离的计算1.导入比对好的“*.meg”格式数据。2.数据划分（1）序列数据的基因和域（genes&domains）的指定和选择在MEGA中可对指定范围的序列位点进行分析。虽然经过比对和剪切后的序列通常都可全长用于分析，但对于蛋白质编码基因序列来说，序列的第一位并非总是密码子的第一位，此时要通过该设置指定密码子是从序列的第几位开始（要先通过Spin翻译确定），否则软件会将序列的第一位默认为密码子的第一位。具体的操作是：点击“Data→Setup/SelectGenes&Domains”（在主窗口和数据管理窗

2、口均可进行此设置），在弹出的“Genes/DomainOrganization”小窗口中进行设置；“From”选项用于设置分析的起始位点，“To”用于设置分析的终止位点（设置完成后会在#Site项显示出选定范围内的位点总数），“CodonStart”用于设置密码子（开放阅读框）从序列的第几位碱基开始读起（如密码子从序列的第一位碱基开始读则设置为“1stsite”，依此类推），“Codi…”用于选择是否启动蛋白质翻译功能，该项未选时（如右图）MEGA将无法将蛋白质编码基因序列翻译成蛋白质序列，数据管理窗口中的按钮将呈灰

3、色显示而失去功能。（2）分类单元的分组及选择MEGA可对数据集中指定的分类单元进行分析。为了使选择更加方便，通常可对数据的分类单元进行分组（groups），分组的具体操作是：点击“Data→Setup/SelectTaxa&Groups”（在主窗口和数据管理窗口均可进行此设置），在弹出来的“Setup/SelectTaxa&Groups”小窗口中根据分析需要对分类单元进行分组，选择需要分析的数据组，点击右下角的“Close”按钮关闭小窗口，即可对选定的组进行相关分析。（3）已分组数据的保存为了保存已经指定的数据分组，

4、在关闭活动数据文件（activedatafile；在主窗口中用“File→CloseData……Alt+F5”关闭文件或直接关闭MEGA软件）前必须将数据输出另存，否则分组信息不会直接保存在原始序列文件中。注意，在保存数据时必须确认数据中的所有分类单元都被选定（即在“Setup/SelectTaxa&Groups”小窗口左边的“Taxa/Groups”框中选定“All”选项），否则输出的数据文件中将只能保存分析时选定的数据部分。3.成对序列遗传距离计算点击“Distance→ComputePairwiseF7”菜单命

5、令，弹出分析选择（AnalasysPreference）窗口（也可称为参数设置窗口），可通过点击各选项右边的下拉菜单（pull-downmenu）完成设置。各种参数的设置方法如下：“Compute”参数设置：该设置有两个选项，选择“Distancesonly”时只计算遗传距离；选择“Distances&Std.Err.”时在计算遗传距离的同时还计算标准误差，此时会增加一项设置误差计算参数的选项，可以调节。一般选择“Distancesonly”即可。“Includesites”参数设置：该设置包括“Gaps/Missi

6、ngData”和“CodonPositions”两项。“Gaps/MissingData”用来设置空位处理原则：若选“CompleteDeletion”则在计算遗传距离时凡有任一序列具空位的位点都不予计算；若选“ParwiseDeletion”则在计算两条序列的遗传距离时仅不计算两条序列中的任一条具空位的位点，对于两条序列都不具空位的位点，即使数据集中的其它序列存在空位，也不删除；一般情况下都选“ParwiseDeletion”。“CodonPositions”用来设置计算遗传距离时使用的密码子位点，可以根据需要选择

7、使用密码子中的任意一位或几位或全部位点来计算遗传距离；通常可考虑用不同位点分别计算并进行对比。“SubstitutionModel”参数设置：该设置包括“Model”和“SubstitutionstoInclude”两项。“Model”选项用来选择计算遗传距离时使用的计算模型：点击“Model”选项右边的图标，在下拉菜单（pull-downmenu）“Nucleotide→[距离模型，如p-distance、Kimura2-parameter等]”中选择合适的计算遗传距离的模型（理论上应先用Modeltest检验各种

8、模型，然后选择最适模型进行计算，但在通常情况下选择较简单的模型即可，如p-distance、K2P模型等；“Numberofdifferences”是一种根据序列间不同碱基的数量来计算遗传距离的模型，选用此模型时则“Gaps/MissingData”选项应设置为“CompleteDeletion”）。“SubstitutionstoInclud