马铃薯贮藏蛋白Patatin及其突变体分子动力学和分子对接的研究-论文.pdf

《马铃薯贮藏蛋白Patatin及其突变体分子动力学和分子对接的研究-论文.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、辽宁大学学报JoURNALoFuAoNINGUNIvERsITY自然科学版NaturalSciencesEtion第41卷第3期2014年Vo1．41No．32014马铃薯贮藏蛋白Patatin及其突变体分子动力学和分子对接的研究宋有涛，徐姣，周雷2，孙玉娜，周小红，张桥石，薛友林(1．辽宁大学生命科学院，辽宁沈阳110036；2．辽宁大学环境学院，辽宁沈阳110036；3．辽宁大学轻型产业学院，辽宁沈阳110036)摘要：马铃薯贮藏蛋白Patatin具有水解脂肪的能力，且特定位点的突变能够影响Patatin的水解酶活性．Patatin的水

2、解酶活性中心是由Ser77和Asp215组成，首先采用分子动力学方法研究Patatin及其突变体的稳定性和构象变化，通过结构比对没有发现构象规律性的变化，然后采用分子对接方法，发现了两个基团(Patatin及其突变体活性位点Ser77的羟基与底物P一硝基苯基癸酯的酯键)问的距离具有规律性：即H109A和D182A(活性减弱)两个基团之间的距离偏大，而R368A，E140A，H109N(活性增强)两个基团之间的距离偏小，符合之前的生化数据．这说明Ser77的羟基与底物PNPCIO的酯键间的距离可能能够影响底物小分子与Patatin蛋白的结合，

3、从而影响Patatin酯酶的活性．同时，根据细胞内溶质磷脂酶A2(cPLA2)反应过程，我们推测了Patatin与底物之间可能的催化机制．，关键词：Patatin；动力学模拟；分子对接；突变体；距离；酶活性；催化机制中图分类号：Q754文献标志码：A文章编号：1000-5846(2014)03-0256-07MolecularDynamicsandDockingStudiesonPotatoStorageProteinPatatinandTtsSeveralMutantsSONGYou—tao．一，XUJiao，ZHOULei，SUNYu—

4、na，ZHOUXiao—hong，ZHANGQiao—shi，XUEYou—lin(1．CollegeofLifeScience，LiaoningUniversity，Shenyang110036，China；2．SchoolofEnvironmentalScience，LiaoningUniversity，Shenyang110036，China；3．CollegeofLightIndustry，LiaoningUniversity，Shenyang110036，China)Abstract：Patatinfrompotatohasthe

5、capacityofhydrolasinglipidwiththecatalyticdyadconsistingofSer77andAsp215．Accordingtoanearlystudy，certainmutationswillaffecttheactivityofhydrolase．Inthisstudy，wehaveperformedmoleculardynamicssimulation(MD)toinvestigatethestabilitiesandconformationalchangesofPatatinmutations

6、．MDresultsrevealedthatWTdidnotshowdistinctdifferencetoitsmutantsinstability．Thedockingresultsrevealedthatthe收稿日期：2014—04—21基金项目：国家自然科学基金项目(30970152)；辽宁省教育厅优秀人才项目(2009R26)作者简介：宋有涛(1973一)，男，满族，沈阳人，博士，教授，主要从事淀粉样蛋白聚集的分子机制研究，E—mail：ysong@lnu．edu．cn第3期宋有涛，等：马铃薯贮藏蛋白Patatin及其突变体分子

7、动力学和分子对接的研究257distancebetweenthehydroxylinSerandthecarbonoftheesterbond(PNPCIO)correspondedwellwithitsactivity．WimtheincreaseofthedistanceofthehydroxylinSer77andthecarbonoftheesterbond，theactivityofpatatindecreased，viceversa．Theseresultsrevealedthatthedistancebetweenthehyd

8、roxylofSer77andthecarbonoftheesterbondhasanimportantroleinitsenzymaticactivity．Inaddition