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1、www.chinadairy.net中国乳品工业rpgy@chinajournal.net.cn分子标记技术用于乳酸菌分类鉴定研究进展孙志宏12111,孟和,孙天松,包秋华,张和平(1.内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室,内蒙古呼和浩特010018;2.上海交通大学农业与生物学院,上海200030)摘要:介绍了几种分子标记技术的基本原理和方法及其在乳酸菌分类鉴定中的研究进展。关键词:分子标记;乳酸菌;分类;鉴定中图分类号:Q939.11+7文献标识码:A文章编号:1001-2230(2006)05-
2、0035-04Researchprogressofapplicationofmolecularmarkingtechnologyinclassifica-tionandidentificationoflacticacidbacteria12111SUNZhi-hong,MENGHe,SUNTian-song,BAOQiu-hua,ZHANGHe-ping(1.KeyLaboratoryofDairyBiotechnologyandEngineering,MinistryofEducationPRC,InnerMo
3、ngoliaAgriculturalUniversity,Huhhot010018China;2.CollegeofAgricultureandbiologyShanghaiJiaoTongUniversity,Shanghai200030,China)Abstract:Theprinciples,techniquesandadvanceofmolecularmarkingtechnologyusedinclassificationandidentificationoflacticbacteriawererevi
4、ewedinthispaper.Keywords:molecularmarking;lacticacidbacteria;classification;identification分类和鉴定,如16SrDNA[1,2]、16S-23SrRNA基因间0引言隔区(IntergenicSpacerRegion,ISR)的序列分析和基乳酸菌是一群形态、代谢性能和生理学特征不于PCR技术的分子标记技术等,其中基于PCR技术完全相同的革兰氏阳性菌,能发酵碳水化合物产生的分子标记又可分为随机扩增多态性DNA(Random-乳酸
5、的细菌的统称。一些乳酸菌被广泛用于轻工业、lyAmplifiedPolymorphicDNA,RAPD)[3,4]、扩增片段食品、医药及饲料工业等许多行业上,甚至有些菌种长度多态性(AmplifiedFragmentLengthPolymorphism,是机体重要的益生菌。目前在自然界中已发现的乳AFLP)[5]、限制性片段长度多态性(RestrictionFragment酸菌在细菌分类学上划分为23个属。人类对乳酸菌LengthPolymorphism,RFLP)、重复基因外回文序列的分类鉴定和利用已经有久远的
6、历史,并积累了丰(RepetitiveExtragenicPalindromicSequences,REP)[6]、富经验和知识,形成了至今一直沿用的传统分类鉴肠细菌基因间重复共有序列(EnterobacterialRepeti-定方法,包括形态特征、生理生化反应及血清学反应tiveIntergenicConsensusSequences,ERIC)[5]等。本文等,这些方法都是基于微生物表面受体的特异性,属就以上几种分子标记原理、方法及应用进行介绍。于表型分类法。1rDNA/rRNA序列的分子标记近些年,由于分
7、子生物学的飞速发展,从分子和基因水平来认识乳酸菌的遗传结构、组成和分类已成1.116SrDNA/rRNA的序列分析为可能,许多新的分子标记技术被用来进行乳酸菌的原核生物核糖体rRNA含有3种类型:23S,16S,5SrRNA,它们分别含有约2900,1540和120个碱基。收稿日期:2006-03-29基金项目:国家自然基金项目(30460009,30560097);rDNA或rRNA序列既具有保守性,又具有高变性,是作者简介:孙志宏(1978-),男,硕士,研究方向为乳品微生物。目前细菌分类和鉴定经常使用的一种
8、检测方法。保守通讯作者:张和平性能可反映生物物种的亲缘关系,为分析系统发育提Vol.34,No.52006(total186)35专题论述Monographs供线索,高变性则能揭示出生物物种的特征核酸序列2基于基因组DNA水平的分子标记而且具有株、种、属的结构特征,所以高变性是属种鉴定的分子基础。2.1RAPD60年代末,Woese通过对各种生物的rRNA进行分RAPD是
