国兰杂交品种_系_srap_pcr反应体系优化及引物快速筛选

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1、热带作物学报2014,35(5):925-932ChineseJournalofTropicalCrops国兰杂交品种(系)SRAP-PCR反应体系优化及引物快速筛选龚理,黄添毅,王芳,陈倩淑,吴少华*,李永裕福建农林大学园艺学院,福建福州350002摘要以国兰杂交品种(系)为材料,采用L(45)正交试验设计对TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、模板及引16物等5个重要影响因素进行优化,确定国兰杂交品种(系)SRAP-PCR反应的最优反应体系为(25μL体系):TaqDNA聚合酶,1U;Mg2+,1.8mmol/L;dNTPs,

2、0.08mmol/L;模板DNA,100ng;引物,上下游各0.3mmol/L;10×PCRBuffer,2.5μL。此外,本试验采用DNA混合池技术(DNApooling)快速筛选SRAP引物,从180对SRAP引物组合中筛选出39对扩增产物丰富、多态性高的引物组合。与常规方法相比,该技术明显缩短试验周期、节约了模板用量,为快速高效筛选SRAP引物提供了新思路。关键词SRAP-PCR;体系优化;DNA混合池;引物筛选中图分类号S682.31文献标识码AOptimizationSRAP-PCRSystemandQuicklyScree

3、ningPrimersforHybridizationCultivars(Lines)ofChineseCymbidiumGONGLi,HUANGTianyi,WANGfang,CHENQianshu,WUShaohua,LIYongyuCollegeofHorticulture,FujianAgricultureandForestryUniversity,Fuzhou,Fujian350002,ChinaAbstractTheSRAP-PCRsystemofthehybridizationcultivars(Lines)ofChin

4、eseCymbidiumwasoptimizedbytheorthogonalexperimentwhichwasinfourlevelsoffivefactors(TaqDNApolymerase,Mg2+,dNTPs,DNAtemplateandPrimer).TheresultsshowedthattheoptimizedPCRreactionsystemcontainingTaqDNApolymerase1U,Mg2+1.8mmol/L,dNTPs0.08mmol/L,DNAtemplate100ng,eachprimer0.

5、3mmol/Land10×PCRbuffer2.5μL.ByusingDNApoolingtechnology,39primercombinationswerequickscreenedamong180primercombinations,whichhadabundantpolymorphismbands.Comparingwithconventionalscreeningmethod,theDNApoolingmethodcangreatlyshortenexperimentalperiodandsignificantlyreduc

6、etheconsumptionofDNAtemplate.AndthisshowedanewwayforquicklyscreeningSRAPprimers.KeywordsSRAP;Systemoptimization;DNApooling;Screeningprimersdoi10.3969/j.issn.1000-2561.2014.05.016中国兰花又称国兰,一般是指兰属(Cymbidium)简便、快速,多态性丰富,重复性好以及不需预知地生兰种类中具有较高观赏价值的一些种类,包括物种序列信息等优点。目前已广泛应用于植物的春

7、兰(C.goeringii)、蕙兰(C.faberi)、建兰(C.ensifolium)、遗传多态性研究[4][5]、品种鉴定、遗传连锁图谱构墨兰(C.sinense)、寒兰(C.kanran)、莲瓣兰(C.tortisepalum)建[6][7]等方面研究。利用、测序以及基因克隆和春剑(C.tongibracteatum)7个种[1]。近年国兰种内SRAP分子标记对多种兰科植物进行分子鉴别、遗及种间杂交已得到很大程度上的发展[2]传多样性分析等方面研究也有相关报道[8-14]。目前,国,但用兰杂交品种(系)的研究较少,父母本多不明确

8、,对于国兰杂交品种(系)研究罕有报道。通过SRAP分品种分类及新品种选育带来诸多不便。子标记分析,有助于已有国兰杂交品种(系)资的整相关序列扩增多态性标记(Sequence-related理分类,鉴定亲本来源,对新品种选

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